نهضت امام خمینی در سال 1341 با پشتیبانی مراجع تقلید همراه بود. در این میان آیت الله مرعشی نجفی هماره از نهضت امام خمینی حمایت کرد. بارها اعلامیه داد و به افشاگری پرداخت. ایشان در پی دستگیری امام خمینی در سال 1342، با ارسال اعلامیه شدید اللحنی به رژیم پهلوی، خواستار آزادی امام خمینی شدند. ایشان همراه مراجع تقلید و علمای تراز اول کشور برای آزادی امام خمینی به تهران سفر نمود و در این راه زحمت فراوانی متحمل شد. ایشان در سال 1342، در پاسخ نامه جمعی از طلاب می فرماید: چنانچه کرارا این جانب عقیده خود را اظهار کرده ام، باز هم به موجب این سوال عرض می کنم که حضرت آیت الله خمینی - دامت برکاته - یکی از مراجع تقلید عالم تشیع هستند و از اساطین روحانیت اسلام و از مفاخر عالم تشیع. آیت الله مرعشی نامه ها و تلگراف های فراوانی در جهت حمایت از امام خمینی برای مراجع تقلید شیعه مقیم ایران و عراق می فرستاد. ایشان پس از تبعید امام خمینی به ترکیه، در سخنرانی ها و اعلامیه ها این عمل رژیم پهلوی را محکوم می نمود و برای شهدای 15 خرداد، مجلس یادبود برپا می سازد. آیت الله مرعشی هماره از انقلاب اسلامی پشتیبانی می نماید و جنایتهای رژیم پهلوی را افشا می نماید. ایشان پس از شهادت آیت الله حاج آقا مصطفی خمینی در سال 1356، برای وی مجلس ترحیمی در حسینیه خویش برپا می کند، که پایان این مجلس به سر دادن شعارهای کوبنده علیه رژیم پهلوی و دستگیری شماری از مردم پیوند می خورد. آیت الله مرعشی در طول سالهای تبعید امام خمینی، با ایشان در ارتباط بودند و با اوج گیری انقلاب اسلامی در سال 1356 همراه مراجع تقلید شیعه با فرستادن اعلامیه ها به هدایت نهضت می پردازد. پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز ایشان هماره از نظام جمهوری اسلامی حمایت کرد و در مناسبت های مختلف با ارسال پیامها به تقویت نظام پرداختند.