سپرده گذاران صندوق های قرض الحسنه ادغام شده توسط بانک مرکزی، نسبت به عدم پایبندی بانک جدید به تعهدات این موسسات ابراز نارضایتی کرده و معتقدند که بانک مرکزی در بروز چنین وضعیتی مقصر است. بانک مرکزی از سال گذشته در راستای ساماندهی بازار پولی و مالی کشور تعدادی از موسسات مالی و اعتباری را ادغام و تعداد آنها را به شش موسسه کاهش داد همچنین اواخر خردادماه سال جاری، اقدام به ادغام صندوق های مهروطن و نصر کردستان در بانک قرض الحسنه مهر ایران کرد.

پس از این اقدام، بانک مرکزی اعلام کرد که مشتریان می توانند پس از یک هفته به تدریج جهت تعویض دفترچه های سپرده گذاری خود به بانک قرض الحسنه مهر ایران مراجعه کنند همچنین به مشتریان این صندوق ها اطمینان داد که سپرده های آنها محفوظ و مسوولیت تعهدات آن به بانک قرض الحسنه مهر ایران که از ظرفیت مالی مکفی برخوردار است، واگذار شده است.

اما کمی بعد در اوایل تیر ماه بانک مرکزی بار دیگر اعلام کرد که با توجه به کندی عملکرد بانک قرض الحسنه مهر ایران در پاسخگویی به مردم بانک قرض الحسنه رسالت جایگزین بانک قرض الحسنه مهر ایران می شود.