ساختار اداری و تشکیلات سازمان مدیریت و برنامه ریزی توسط تیمی از کارشناسان به مدیریت محمود عسگری آزاد، جانشین معاون توسعه مدیریت و سرمایه انسانی رییس جمهور تهیه شد. در ساختار جدید، سازمان مدیریت دارای یک قائم مقام شده که در دوران پیش از انحلال فاقد آن بوده است. در این ساختار سازمان مدیریت دارای هفت معاونت شده است: معاونت توسعه اقتصادی و هماهنگی برنامه و بودجه، معاونت توسعه امور تولیدی و زیربنایی، معاونت توسعه امور اجتماعی و فرهنگی، معاونت اداری و مالی، معاونت امور مجلس و توسعه استانی، معاونت طراحی ساختار و فناوری و معاونت توسعه منابع انسانی. همچنین هفت سازمان و مرکز نیز در زیرمجموعه سازمان مدیریت قرار گرفته است که پیش از انحلال سازمان نیز، چنین بوده و تنها سازمان هدفمندی یارانه ها به آن اضافه شده است. محمود عسگری آزاد به عنوان قائم مقام سازمان، فرهاد دژپسند به عنوان معاونت اقتصادی و برنامه و بودجه، مهدی رحمتی در معاونت امور تولیدی و زیربنایی و احمد صمیمی به عنوان معاونت اداری و مالی در دوره جدید مسوولیت ها را بر عهده خواهند داشت.