جعفر توفیقی در مدت کمتر از دو ماه از سرپرستی اش در وزارت علوم نشان داد مدیریت علمی و کارشناسی را بر مدیریت سیاسی ترجیح می دهد. حضور او در صدر وزارت علوم در حال حاضر کف مطالبات دانشگاهیان است. توفیقی در این مدت تعامل سازنده‎یی با مجلس داشت و ابهامات و حاشیه هایی که پیش از این پیرامون او مطرح بود، تاحدود زیادی برطرف شد. توفیقی در گفت وگو با «خانه ملت» در رابطه با انتقادات وارده به وی هنگام وقوع حوادث سال 88، گفت: درباره مسائل سال 88 در مجلس و در حضور نمایندگان توضیحات کاملی را برای شفاف سازی اذهان عمومی ارائه خواهم کرد. توفیقی در پاسخ به سوالی مبنی بر شناخته شدن وی در جامعه به عنوان چهره سیاسی یا چهره علمی، گفت: من به هیچ وجه چهره سیاسی نبوده و در 40 سال گذشته در تمام مقاطع زمانی در خدمت آرمان های انقلاب و نظام بوده ام، همچنین قبل از انقلاب به هیچ وجه عضو هیچ گروه یا تشکل سیاسی و حزب سیاسی نبوده و متعلق به هیچ جریان سیاسی در کشور نیستم. او ادامه داد: رزومه کاری و زندگینامه علمی و مدیریتی من نشان دهنده شخصیت علمی من بوده و در تمام زندگی بیشتر به کارهای مدیریتی و اجرایی پرداخته و فعالیت های مدیریتی و اجرایی من صددرصد در خدمت نظام آموزش عالی کشور بوده است، از طرف دیگر همواره من از آرمان ها و ارزش های نظام دفاع کرد ه و خدمت به نظام در دستور کار همیشه من بوده است. حمایت از نخبگان برای جلوگیری از فرار مغزها، کیفیت دانشگاه پیام نور، مدیریت فعالیت های سیاسی در دانشگاه، وجود تشکل های دانشجویی در جهت سرعت دادن به توسعه علمی، بازگشت دانشجویان و اساتید ستاره دار به محیط تحصیل از جمله موضوعات مطرح شده از سوی توفیقی بود. به گفته توفیقی، ایجاد نکردن فرصت های شغلی از جمله مواردی است که به افزایش مهاجرت نخبگان از کشور دامن می زند و لازم است برنامه ریزی دقیقی صورت گیرد تا نخبگان بتوانند منشا تاثیر و اثر در جامعه خود شوند. توفیقی ایجاد فضای مناسب فرهنگی و سیاسی کشور را از دیگر دلایل خروج نخبگان خواند و گفت: امید است با سیاستی که در دولت تدبیر و امید وجود دارد فضای بازتری برای فعالیت های سیاسی، فرهنگی و آزاداندیشی دانشجویان فراهم شود تا شاهد کاهش مهاجرت نخبگان از کشور باشیم.