روز پنجشنبه حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظم انقلاب اسلامی با صدور پیامی درگذشت عالم مجاهد مرحوم آیت الله محمدی گیلانی را تسلیت گفتند. متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به این شرح است: «درگذشت عالم مجاهد مرحوم آیت الله آقای محمدی گیلانی رحمت الله علیه را به خاندان محترم و بازماندگان و دوستان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض می کنم. خدمات این عالم بزرگوار در قوه قضاییه و حضور در مسوولیت های مهمی همچون شورای نگهبان و مجلس خبرگان و مجمع تشخیص، بر همگان آشکار است. پیش از آن نیز همراهی و وفاداری نسبت به امام بزرگوار از آغازین روزهای نهضت و پایداری صمیمانه در کنار ایشان، خصوصیت فراموش نشدنی این روحانی فاضل و برجسته است. از خداوند متعال مسالت می کنم که روح ایشان را قرین فضل و رحمت خود سازد و علو درجات به وی عنایت فرماید.»

پیکر آیت الله محمدی گیلانی عصر پنجشنبه از مسجد امام حسن عسکری(ع) قم تا حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه(س) تشییع و به خاک سپرده شد. دراین مراسم باشکوه که نمایندگان بیوت و دفاتر آیات عظام تقلید، رییس مجلس شورای اسلامی و حضرات آیات مصباح یزدی، عباس محفوظی، صادق خرازی، مدرسی یزدی، حسن ممدوحی، طلاب و روحانیون و جمعی از مردم متدین قم و شهرهای شمالی کشور حضور داشتند، بعد از اقامه نماز توسط آیت الله جعفر سبحانی، از مراجع تقلید، پیکر آن مرحوم در مسجد بالاسر حرم مطهر دفن شد. پیکر این عالم مجتهد صبح روز پنجشنبه و با حضور مقامات کشوری و لشکری از مدرسه عالی شهید مطهری تهران تشییع و به قم انتقال داده شده بود. آیت الله محمدی گیلانی که چندی پیش به علت بیماری ریوی در یکی از بیمارستان های تهران بستری شده بود، پس از یک دوره بیماری روز چهارشنبه دار فانی را وداع گفت.