بر اساس گفته مسئولان وزارت بهداشت، بخش آموزش پزشکی در طرح تحول سلامت مربوط به بیمارستان های آموزشی است که تقریبا نیمی از بیمارستان های کشور را شامل می شود و حتی 600 عضو هیات علمی همزمان با خدمت آموزشی در حوزه بالینی نیز فعالیت و خدمات درمانی ارائه می کنند. همچنین 12 هزار دستیار نیز در بیمارستان های کشور در حال ارائه خدمات هستند که مجموعا 18 هزار نفر مسئولیت درمان کشور را همراه با آموزش بر عهده گرفته اند.

این مسئولان معتقدند: هرگونه تغییری دراداره بیمارستان ها در بخش آموزشی هم تاثیرگذار است، به طوری که آنان در حال طراحی یک بسته آموزشی سلامت هستند تا اثرات طرح تحول سلامت در بخش آموزش مثبت باشد و مشکلی در سامانه آموزشی ایجاد نشود.