وقتی صحبت از مشکلات تشکل های صنفی دانشجویی به میان می آید، گستره ای وسیع از مسائل متعدد به ذهن می رسد. اما اگر بخواهیم به اختصار به مشکلات تشکل های صنفی دانشجویی بپردازیم، می توان سه مشکل اساسی زیر را برشماریم:

نخست تغییراتی است که در دوره دولت پیشین در قوانین و آیین نامه های مربوط به شوراهای صنفی دانشجویان اتفاق افتاده است. در واقع باید گفت مقایسه قانون جاری فعلی (مصوب 1391 وزارت علوم وقت) با قوانین پیشین موجب حیرت است؛ به وضوح پیداست که تغییرات اعمال شده باهدف بی اثرسازی این تشکل های دانشجویی رخ داده است. کاهش تعداد اعضای تشکل ها و حذف نظارت بر روند فعالیت های آموزشی از مهم ترین مواردی