حجت الاسلام نقویان در پاسخ به برخی شایعات مبنی بر حمایت وی از سران فتنه 88 گفت: حتی یک جمله از من در حمایت از فتنه و سران فتنه پیدا نمی کنید.حجت الاسلام والمسلمین نقویان در گفتگو با خبرنگار سیاسی خبرگزاری تسنیم و در پاسخ به این مطلب «بعضی از رسانه ها و محافل سیاسی شما را جزء حامیان فتنه 88 و سران فتنه 88 جلوه می دهند» گفت: این تهمت است، من کجا از اینها حمایت کرده ام؟ یک جمله از من پیدا کنید که من از آنها دفاع کرده باشم.وی با بیان اینکه قطعا آمریکایی ها از فتنه 88 حمایت کردند، تاکید کرد: یک جمله از من شنیده نشده است که از فتنه گران 88 حمایت کرده باشم.

وی درباره پوشش بعضی از اظهاراتش در رسانه های ضدانقلاب نیز گفت: پخش کردن چه دلیلی بر تایید است؟ رسانه های ضدانقلاب حرف های امام را نیز پخش می کنند و همچنین حرفهای رهبری را هم نیز. این به معنای آن نیست که من حرفهای آنها را قبول داشته باشم یا آنها من را قبول داشته باشند.

وی در پاسخ به این موضوع که «گفته می شود شما از رئیس دولت دوم خرداد حمایت کرده اید» تصریح کرد: این تهمت است، نباید این تهمت را به من بزنید.نقویان در ادامه و در پاسخ به این گفته که«شما اظهاراتی درباره ممنوع التصویری یکی از سران فتنه مطرح کرده بودید که از آن حمایت از وی برداشت شد» خاطرنشان کرد: خیر، من حمایت نکردم. حرف من این است که ایشان باید عادلانه محاکمه شود و اجازه دفاع به او بدهند.وی در پایان و در پاسخ به این سئوال «که به نظر شما چرا سران فتنه از جمله آقای خاتمی توبه نمی کنند؟» اظهار داشت: این سئوال را باید از خود ایشان بپرسید.