با اجرای طرح تحول سلامت، منافع داروساز موسس داروخانه در مراکز روستایی بشدت تحت تاثیر این طرح قرارگرفته است. با حضور پزشک خانواده در مراکز روستایی و شهرهای کوچک، موسس داروخانه با فاصله بیش از 500 متر از مرکز بهداشتی وظیفه دارد در محل مرکز درمانی، شعبه ای از داروخانه ایجاد کند و بدون دریافت هرگونه تسهیلات مالی از محل اعتبارات طرح تحول نظام سلامت، هزینه دارویار، حق بیمه دارویار، سرمایه گذاری دارو و نظارت به ارائه خدمات را تقبل کند، اما در بسیاری از مراکز روستایی، تعداد مراجعه کنندگان روستایی و میزان فروش داروخانه به هیچ وجه هزینه تحمیلی بر داروخانه های روستایی را جبران نمی کند. همچنین با این که دولت هیچ گونه فرانشیزی برای پخش دارو به داروساز نمی پردازد، اما داروساز را به دریافت حق فنی براساس تعرفه دولتی موظف کرده است.