افتتاح کتابخانه آیت الله العظمی گلپایگانی در سالروز میلاد حضرت امیرالمومنین علی بن ابیطالب(ع) سیزدهم رجب 1413 مطابق با هفدهم دی ماه 1371 بود که کتابخانه با مجموعه ای از 23340 جلد کتاب چاپی و حدود 2400 نسخه خطی رسما افتتاح و مورد بهره برداری و استفاده عموم قرار گرفت. هسته اصلی کتابخانه آیت الله العظمی گلپایگانی از کتاب های شخصی ایشان و کتاب های اهدایی جمعی از خیرین است که در کتابخانه مدرسه المهدی نگهداری می شد به وجود آمده است. در زمانی که شهر قم بمباران شد، چند کارگر کتاب های خطی و چاپی را از مدرسه مذکور در کارتن و گونی قرار دادند و به مدینة العلم آیت الله العظمی خویی در جای امنی بردند و بعد از خاتمه جنگ کتاب ها به این کتابخانه منتقل شد. اگر چه با احتیاط کتاب ها از کارتن ها و گونی ها بیرون آورده شد، اهل فن می دانند چه صدمه ای به کتاب های خطی رسیده و چه تعداد نسخه ها که در اثر بی احتیاطی اوراق شده و جدا کردن نسخه خطی از چاپی آن هم به این شکل چه مشکلاتی دارد.

با توجه به بخش های مختلف کتابخانه اکنون تعداد کتاب های چاپی کتابخانه بالغ بر 138700 جلد و آنچه ازنسخه های خطی فهرست شده با ضمایم آنها حدود 12000 نسخه احصا شده است. فضای مخزن کتابخانه گنجایش بیش از200هزار جلد کتاب چاپی وگنجینه نسخ خطی را دارد. هم اکنون مجموعه های گسترده منابع علمی در زمینه های مختلف علوم انسانی و اسلامی و کتاب های چاپی فهرست شده است. این کتابخانه از نظر حسن ترتیب و رده بندی و تنوع موضوع، چشمگیر و از نظر سهولت استفاده در امر کتابداری و بهره گیری از کتاب شهرت دارد. کتاب های فهرست شده بخش عمومی کتابخانه، تا خردادماه 1393 در چهارصد و بیست و هفت قفسه فلزی تنظیم و کدگذاری آماده بهره برداری شده است، علاوه برآن دوره های کامل مجلات علمی، تاریخی حاوی مقالاتی از شخصیت های معروف در موضوعات تاریخ، ادبیات، تفسیر، فقه، اصول، حدیث، طب و نجوم و... در بخش عمومی کتابخانه نگهداری می شود.