براساس یکی از احکام پیشنهادی در لایحه قانون برنامه ششم توسعه، تمام وظایف و اختیارات و ساختار و تشکیلات دبیرخانه شورای عالی مناطق آزاد تجاری - صنعتی به وزارت اقتصاد منتقل شد که این موضوع از چند منظر قابل نقد و بازنگری است. همان گونه که از عنوان این مناطق مشهود است در ابتدای قانون گذاری برای تشکیل مناطق مذکور، اهداف تجاری و صنعتی به عنوان دو رکن و فعالیت و خط مشی اصلی برای آن تعریف و ساختار و آیین نامه های مربوط بر این اساس تنظیم و تصویب شد.

واقعیت کارکردی مناطق آزاد و تجارب کشورهای با سابقه در این امر که توانسته اند از طریق این عامل به مدل سازی توسعه در جهات مختلف به ویژه حوزه اقتصادی خود کمک کنند، نشان می دهد که وجوه فعالیت ها و جهت گیری های تجاری و صنعتی، مهم ترین شاخص های کارکردی آنها برای جذب سرمایه گذاری و رونق اقتصادی این کشورها از طریق ایجاد مناطق آزاد بوده است، اگر چه از مبانی سیاستی و توجیهات کارشناسی پیشنهاد یاد شده جزئیاتی منتشر نشده است، لیکن آنچه در راستای تحقق اهداف سند چشم انداز 1404 و نقش مناطق آزاد در حصول این اهداف طی برنامه های آینده توسعه ای کشور پیش بینی می شود و باید با واقعیت های فعلی اقتصاد ایران همخوانی داشته باشد و حتی در سال های گذشته نیز پیشنهادهایی براساس نتایج مطالعات و بررسی های انجام شده ارائه شده است، نشان از ضرورت تقویت کارکردهای تجاری و صنعتی مناطق آزاد و واگذاری مسوولیت اداره آنها به دستگاه های تخصصی مرتبط با صنعت و تجارت است. اگر قرار باشد اهداف و برنامه هایی که برای توسعه این مناطق قبلاپیش بینی شده، به نتیجه مطلوب برسد، شایسته تر این است که اداره این مناطق و تبیین ساختار تشکیلاتی آنها در راستای تجارب جهانی، به حوزه تجارت کشور منتقل شود، چرا که بهترین و اثر بخش ترین مدل توسعه مناطق آزاد جهان ناشی از تعیین جهت گیری های هدفمند تجاری و تلفیق راهبردهای جذب سرمایه گذاری و توسعه صادرات برای آنها بوده است.از این رو ضرورت دارد در برنامه ششم توسعه، وظیفه و اختیار اداره مناطق آزاد و ویژه اقتصادی کشور به متولی صنعت و تجارت کشور به عنوان بازوی عملیاتی و مدل سازی توسعه در تمامی جهات مبتنی بر ارکان تجارت و تولید، انتقال یابد.