غار جوجه یکی از شگفت انگیزترین غارهای طبیعی قائن است که از لحاظ باستان شناسی اهمیت دارد. این غار بر خلاف اسم آن از بزرگ ترین غارهای شناسایی شده خراسان جنوبی است که در 25 کیلومتری شرق قائن و 5 کیلومتری جنوب غرب روستای خونیک علیا قرار دارد. دهانه این غار در ارتفاع تقریبی 80 متر از کف دره رو به شرق واقع شده و ابعاد آن 2×4 متر است. ارتفاع داخل غار نیز در برخی نقاط به 40 متر می رسد. داخل غار متشکل از یک تالار اصلی است و تشکیلات زیبای بلوری و گل کلمی بر سطح دیواره ها و سطح کف مشاهده می شود. همچنین در قسمت هایی از غار استالاکتیت و استالاگمیت های زیبایی وجود دارد. در داخل این غار می توان آثار پراکنده سفال را مشاهده کرد. در ابتدای غار جوجه نیز حوضی ساخته شده از سنگ و ساروج وجود دارد. برای حرکت در این غار که به وسیله زلزله مسدود شده و تنها 600 متر از مسیر قابل پیمایش است، نیاز به تجهیزات سنگ نوردی است.