مطهری در اینستاگرام خود نوشت: در پی حوادث سال 88 بخشی از مردم از بخشی از نظام دلگیر است و نیاز به آشتی ملی است. شعارهای این گروه از مردم در تشییع پیکر آیت الله هاشمی رفسنجانی موید این مطلب است. به گزارش فرارو، علی مطهری ادامه داد: راه رفع این کدورت هم بر خلاف نظر ایشان قبول اشتباه از سوی یک طرف ماجرا نیست، بلکه دو طرف باید به اشتباهات خود اعتراف کنند، هم طرفی که زمینه فتنه را ایجاد کرد و با معترضان رفتار خشن داشت و هم طرف دیگر که با طولانی کردن اعتراضات خود موجب بهره برداری دشمن شد، هر چند قصور یا تقصیر دو طرف مساوی نیست.