ماده جنجال برانگیز برنامه ششم کلاحذف شد؛ ماده ای مربوط به سقف حقوق شاغلین در مناطق مرزی و محروم. این بار ماده 38 نه در شورای نگهبان و نه در صحن مجلس دچار تغییر شد؛ بلکه در مجمع تشخیص مصلحت نظام از برنامه ششم جدا شد. «محمد خدابخشی»، نماینده الیگودرز در مجلس شورای اسلامی که سخنگوی کمیسیون تلفیق برنامه ششم توسعه نیز هست با اعلام این خبر درباره اینکه سرنوشت این ماده چه می شود، به «شرق» گفت: «در مجمع تشخیص مصلحت نظام، نظر شورا پذیرفته و گفته شد که باید قانون جامعی در این باره تدوین شود». «خدابخشی» افزوده که «این قانون جامع یا به عنوان لایحه از سوی دولت یا به صورت طرح از سوی نمایندگان باید به مجلس ارائه شود».

طبق تبصره یک ماده 38، «شورای حقوق و دستمزد می تواند با پیشنهاد روسای قوا، وزرا یا معاونان رئیس جمهوری که مسئولیت ریاست دستگاه های اجرائی را به عهده دارند و بالاترین مقام دستگاه اجرائی، برای مشاغل تخصصی واحدهای عملیاتی و مناطق مرزی و محروم حداکثر 30 درصد علاوه بر سقف مقررات این ماده منظور کنند». پس از تصویب، شورای نگهبان به این ماده ایراد گرفت؛ آن طور که لاریجانی اعلام کرد، «حاجی بابایی»، رئیس کمیسیون تلفیق برنامه ششم، شروط رفع ایراد شورای نگهبان را تغییر 30 درصد به 60 درصد و اضافه شدن کلمه مدیریت را اعلام کرده بود؛ اما پس از تصویب ماده 38 با این شرایط، جنجالی در برخی رسانه های خاص و همین طور جریانات سیاسی خاص شکل گرفت. پس از تصویب مصوبه اولیه، حاجی بابایی سقف دریافتی مدیران کشور را 12 میلیون و 600 هزار تومان اعلام کرد. این در حالی بود که با مصوبه 60درصدی که مدیران را هم شامل می شد، سقف حقوق به 24 میلیون می رسید.

«خدابخشی» همچنین تعیین تکلیف سقف حقوق ها با توجه به حذف ماده 38 را به ماده 35 برنامه ششم ارجاع داد؛ ماده ای که «دولت مکلف شده تا یک سال نسبت به راه اندازی سامانه حقوق و مزایای مدیران و کارکنان اقدام کند و ناخالص پرداختی را روی سامانه قرار دهد و برای نهادهای نظارتی در دسترس باشد».