مشکل مالیات قرارداد علی دایی با پرسپولیس در سالی که سرمربی این تیم بوده است حالا به چالشی مهم میان او و این باشگاه تبدیل شده است و پرونده در ارکان قضایی فدراسیون در جریان است. دایی مدیران این باشگاه را مسبب این اتفاق می داند: «متاسفانه همیشه گفته ام که آقایان شاغل در باشگاه پرسپولیس برای خودشان ارزش قائل نمی شوند نه اینکه فکر کنند برای من ارزش قائل نشدند. آنها در دو سال جواب 13 نامه ما را ندادند. آنها جواب اداره مالیات را هم ندادند و باعث شدند حسابم مسدود شده و اتومبیل هایم توقیف شوند. بعد از رفتن من از باشگاه پرسپولیس این باشگاه باید طبق قراردادی که با هم داشتیم مالیات من را پرداخت می کرد اما این کار را انجام ندادند.»