شاید کمتر کسی فکر می کرد که دانشگاه آزاد، با گذشت بیش از 3 دهه از فعالیت خود، با فراز و نشیب های زیادی روبرو شود.

منتقدین تاسیس این دانشگاه، دو شاخص «عدالت» و «فساد سازمان یافته مالی» را از بزرگترین ایرادات «مبنایی» عنوان می کردند و موافقین افزایش «سواد آکادمیک» جامعه و «توسعه» اجتماعی، فرهنگی و «اقتصادی» شهرها و روستاهای کوچک.

اما طی فعالیت های این دانشگاه که منتقدان آن را یک «مدیریت بسته» عنوان می کردند، انتقادات فراوانی را درباره فعالیت های غیرآموزشی این دانشگاه در پی داشته است؛ ریاست طویل المدت عبدالله جاسبی طی سال های 61 الی 90، عدم شفافیت مسئولین سابق در قبال مسائل مالی و جهت دهی «سیاسی» این دانشگاه به خصوص در ماجرای انتخابات سال 88 باعث شد نگاه ها بیش ازپیش حتی از سوی تشکل های دانشجویی به این مدیریت دانشگاه آزاد جلب شود.