حیات خلیج فارس و دریای عمان از سوی عوامل زیادی تهدید می شود. یکی از جدی ترین تهدیدها نشت نفت در این پهنه های آبی است. برخی آمارها از این حکایت دارد که سالانه به شکل میانگین حدود یک میلیون و 200 هزار بشکه نفت در این نگین های جنوبی کشورمان نشت می کند، چراکه هشت کشوری که به شکل مستقیم منابع آن را برداشت می کنند، فقط به فکر بهره برداری هستند و برای حفظ آنها برنامه ای ندارند. اگرغیر از این بود آلودگی های نفتی، فاضلاب، صید بی رویه و توسعه ناپایدار امان این پهنه آبی را نمی برید.

شرایط به گونه ای است که اکنون برخی کشورهای حاشیه خلیج فارس و دریای عمان در خشک کردن دریا با یکدیگر رقابت می کنند تا وسعت اراضی خود را توسعه دهند.

علاوه بر این تعداد آب شیرین کن های کشورهای حاشیه خلیج فارس و دریای عمان نیز در حال افزایش است. به این شکل هر روز بر میزان پسماندهایی که این دستگاه ها تولید می کنند اضافه می شود، در حالی که پسماند آب شیرین کن ها حاوی آب شور و فلزات سنگین است و به این شکل حیات خلیج فارس و دریای عمان را به خطر می اندازد.

از دیگر عوامل تهدیدکننده خلیج فارس و دریای عمان می توان به صید بی رویه، ورود گونه های غیربومی و رسوب ریزگردها اشاره کرد.

این در حالی است که کشورهای بهره بردار به حیات مرجان ها که دلیل حفظ خلیج فارس و دریای عمان هستند نیز توجه نمی کنند. در واقع مرجان ها با جذب آلاینده ها سبب حفظ این پهنه های آبی می شوند، اما این روزها با گسترش آلودگی ها گزارش های بیشتری از مرگ مرجان ها منتشر می شود. به همین دلیل کشورهای بهره بردار از خلیج فارس و دریای عمان باید برای حفظ مرجان ها تلاش بیشتری کنند و با اجرای طرح های توسعه مانند اسلکه سازی حیات مرجان ها را به خطر نیندازند، زیرا مرگ مرجان ها برابر است با مرگ زندگی در خلیج فارس و دریای عمان.