شهید مطهری در یادداشت مشکل اساسی در سازمان روحانیت می گوید:

«در سال های اقامتم در حوزه علمیه قم که افتخار شرکت در محضر درس پرفیض مرحوم آیت الله آقای بروجردی (اعلی الله مقامه) را داشتم، یک روز در ضمن درس فقه، حدیثی به میان آمد به این مضمون که از حضرت صادق(ع) سوالی کرده اند و ایشان جوابی داده اند. شخصی به آن حضرت می گوید: قبلا همین مساله از پدر شما امام باقر(ع) سوال شده، ایشان طور دیگر جواب داده اند، کدامیک درست است؟ حضرت صادق(ع) در جواب فرمودند: آنچه پدرم گفته درست است...

یعنی شیعیان، آن وقت که سراغ پدرم می آمدند با خلوص نیت می آمدند و قصدشان این بود که ببینند حقیقت چیست و بروند عمل کنند، او هم عین حقیقت را به آنها می گفت. ولی اینها که می آیند از من سوال می کنند قصدشان هدایت یافتن و عمل نیست، می خواهند ببینند از من چه می شنوند و بسا هست که هر چه از من می شنوند به این طرف و آن طرف بازگو کنند و فتنه به پا کنند. من ناچارم که با تقیه به آنها جواب بدهم.

چون این حدیث متضمن تقیه از خود شیعه بود نه از مخالفان شیعه، فرصتی به دست آن مرحوم داد که درد دل خودشان را بگویند. گفتند: «تعجب ندارد، تقیه از خودمانی مهم تر و بالاتر است. من خودم در اول مرجعیت عامه گمان می کردم از من استنباط است و از مردم عمل، هر چه من فتوا بدهم مردم عمل می کنند. ولی در جریان بعضی فتواها که برخلاف ذوق و سلیقه عوام بود، دیدم مطلب این طور نیست!»