در نگاه کلی، در سند نقشه جامع علمی کشور، همه نکات خوب و مفید (و ظاهرا لازم) برای کشور ذکر شده است، اما این سند به مجموعه و فهرست آرزو ها تبدیل شده و عملا مدیران اجرایی و دانشگاهی در شش سال گذشته با آن نتوانسته اند ارتباط برقرار کنند. مهم ترین نقصان در نسخه اولیه سال 1389 آن است که برپایه واقعیت های ملی تهیه نشده و عملا (خیرخواهانه) تلاش شده تا همه آنچه به نفع کشور به نظر می رسیده در آن گنجانده شود.

به عنوان نمونه در ذیل راهبرد کلان شماره 6 (تحول و نوسازی نظام تعلیم و تربیت)، 10 بند با عنوان راهبرد ملی گنجانده شده (که بیشتر بندها از جنس راهبرد نیست و حالت برنامه اجرایی دارد) و ذیل این 10