در حالی که قرار بود بر اساس احکام بودجه های سالانه، دولت نسبت به حذف یارانه ثروتمندان یا دهک های پردرآمد کشور اقدام کند، اما همچنان پرداخت یارانه به این اقشار ادامه دارد و این مساله موجب کسری بودجه دولت شده و این سوال را مطرح کرده که آیا دولت دوازدهم اقدام به اصلاح شیوه فعلی اجرای هدفمندی یارانه ها می کند؟

از سوی دیگر همچنان نسبت به درآمدهای حاصله از اجرای هدفمندی یارانه ها ابهاماتی وجود دارد و برخی نمایندگان مجلس معتقدند بیش از نصف این پول در شرکت هایی چون پالایش و پخش و شرکت ملی گاز مانده و به سازمان هدفمندی یارانه ها داده نشده، وگرنه دولت برای پرداخت یارانه نقدی حتی به پولدارها نباید دچار کسری بودجه می شد.