تغییرات اقلیمی به همراه نبود مدیریت مناسب به مشکلات رودخانه ها دامن زده است. غالب رودخانه های بزرگ و معروف کشور دچار آلودگی زیست محیطی شده اند و تداوم حیات در این محیط ها برای آبزیان غیر ممکن شده است.

برای کاهش این آسیب باید باور کرد که روی کمربند خشک زندگی می کنیم. بارندگی کم شده و در سال های اخیر استفاده بیش از حد از آب رودخانه ها در کشاورزی، باعث کاهش کیفیت آب و افت دبی این اکوسیستم های آبی شده است. رودخانه هایی که به دریا می ریزند مثل سفیدرود در شمال یا کارون، اروند، زهره مند و حله در جنوب کشور که وابسته به دریا هستند، محل تخم ریزی ماهی ها ست. اما این رودخانه ها تحت تاثیر آلاینده ها و کاهش دبی آب شرایط نامناسبی دارند و ادامه فعالیت های حیاتی برای آبزیان در این محیط ها با مشکل مواجه شده این درحالی است که در گذشته در کارون کوسه وجود داشت. بسیاری از گونه های دریایی چون آب رودخانه های منتهی به دریا حالت لب شور پیدا می کرد، وارد رودخانه می شدند اما در حال حاضر دبی آب رودخانه کم شده است و این کاهش دبی آب، کیفیت آن را به دلیل افزایش آلاینده های محیطی مثل فاضلاب شهری، روستایی، صنعتی و کشاورزی تحت تاثیر قرار داده و باعث شده این زیستگاه ها دیگر محلی برای تخم ریزی یا پرورش نوزاد آبزیان نباشد.

کاهش کیفیت آب رودخانه ها در دهه های اخیر شدت یافته است. ماهی ها، بنتوزها، پلانکتون ها یا لاک پشتان و موجوداتی که زندگی آنها وابسته به رودخانه هاست، فقط با تامین حقآبه طبیعی رودخانه ها می توانند به زندگی خود ادامه دهند.

حقآبه رودخانه حداقل آبی است که حیات موجودات داخل رودخانه را تامین می کند. خیلی از رودخانه ها حقآبه طبیعی خود را ندارند و اضافه شدن آلودگی سبب شده کیفیت آب بشدت کاهش یابد. این مساله باعث مرگ و میر موجودات می شود همچنین آنها برای تخم ریزی به دلیل مناسب نبودن شرایط وارد رودخانه نمی شوند.

بسیاری از گونه ها به دنبال کاهش آب رودخانه ها و کاهش کیفیت آن یا مهاجرت می کنند یا نسلشان منقرض می شود.

بنابراین برای جبران این آسیب باید اصل حفاظت و مدیریت پایدار برای استفاده از اکوسیستم های آبی را به رسمیت شناخت در غیر این صورت در آینده نه چندان دور اکوسیستم های آبی به خاطره ای خشکیده بدل خواهند شد.