رجب طیب اردوغان، نخستین رئیس جمهوری اجرایی ترکیه تنها 6 روز پس از تحلیف، نخستین فرمان اجرایی خود را صادر کرد و به موجب آن ساختار شورای عالی نظامی که عالی ترین مرجع تصمیم گیری نیروهای مسلح و قوای نظامی ترکیه به شمار می رود، تغییر کرد.

بر اساس این تصمیم، شورای عالی نظامی ترکیه با فراخوان معاون رئیس جمهوری که از سوی رئیس جمهوری به عنوان رئیس این شورا انتخاب می شود، هر سال حداقل یک بار تشکیل می شود و رئیس جمهوری نیز در صورتی که لازم باشد، می تواند این شورا را تشکیل دهد. همچنین با حکم رئیس جمهوری، وزیر دارایی و خزانه داری (داماد اردوغان) نیز عضو شورای عالی نظامی خواهند بود. بنابر این فرمان، همچنین شورای امنیت ملی ترکیه با درخواست شخص رئیس جمهوری هر دو ماه یک بار تشکیل جلسه خواهد داد و معاون رئیس جمهوری در غیاب وی ریاست جلسات را برعهده خواهد داشت.