سازمان لیگ فوتبال ایران در مورد علت بازنده اعلام شدن استقلال در سوپرجام اطلاعیه ای منتشر کرد که در بخشی از آن آمده: «استقلال در تاریخ 12 تیرماه درخواست تعویق زمان سوپرجام را به سازمان لیگ ارائه کرد که پاسخ دادیم با توجه به حضور استقلال و پرسپولیس در لیگ قهرمانان آسیا و همچنین سال برگزاری جام ملت های آسیا، امکان تعویق زمان مسابقه وجود ندارد. بویژه اینکه لیگ برتر فصل 98-97 در تاریخ 4 مردادماه آغاز می شود و برگزاری سوپرجام که مربوط به فصل گذشته است را نمی توان بعد از آغاز لیگ برتر فصل جدید برگزار کرد.

23 تیرماه سازمان لیگ در نامه ای به باشگاه استقلال، به درخواست تعویق زمان برگزاری سوپرجام پاسخ منفی داد و سپس نمایندگان دو باشگاه استقلال، پرسپولیس، سازمان لیگ و فدراسیون فوتبال به جلسه شورای تامین استان تهران در تاریخ 26 تیرماه با دستور برگزاری مسابقه سوپرجام دعوت شدند. نماینده باشگاه استقلال در جلسه شورای تامین، اکبر عباسی ملکی عضو هیات مدیره باشگاه استقلال بود که اعلام کرد اختیار تام از باشگاه دارد و در جلسه شورای تامین نیز صراحتا اعلام کرد که باشگاه استقلال در تاریخ 29 تیرماه در سوپرجام حاضر نمی شود. سازمان لیگ طبق آیین نامه مسابقات غیبت استقلال در روز بازی را با توجه به اعلام قطعی عضو هیات مدیره باشگاه استقلال در شورای تامین استان که مستندات آن هم موجود است، قطعی دانست و اعلام کرد که نتیجه بازی به دلیل عدم حضور قطعی استقلال 3 بر صفر می شود اما پرونده جهت تصمیم گیری به کمیته انضباطی فدراسیون فوتبال ارسال خواهد شد.» در این شرایط پژمان منتظری، مدافع ملی پوش استقلال در واکنش به اعلام نتیجه سوپرجام به فارس گفت: «نمی دانیم چرا مشکل باشگاه استقلال اینقدر پیچیده شده که سوپرجام را به پرسپولیس دادند، مگر ما مرده بودیم که بازی نکنیم؟ من این حرف ها را می زنم و می دانم بزودی صد تا دشمن پیدا می کنم ولی اگر بخواهم رک حرف بزنم، باید بگویم اصلا تیمی وجود ندارد که بخواهد روحیه داشته باشد. تیمی که فصل گذشته کار را به آن شکل خوب تمام کرد، ببینید به کجا رسیده است!»