بهره برداری از اراضی در محدوده مناطق آزاد فرایندی متفاوت از سرزمین اصلی دارد. در ماده 24 قانون چگونگی اداره مناطق آزاد، سازمان منطقه آزاد متولی اراضی محدوده منطقه آزاد معرفی شده و موظف به اجرای مقررات مصوب شورای عالی مناطق آزاد است. آیین نامه نحوه استفاده از زمین و منابع ملی در سال 1372 به تصویب وزرای عضو شورای عالی مناطق آزاد رسیده و در سنوات بعد در چند مورد، اصلاح شده که از جمله می توان به اصلاح ماده 8 آیین نامه مزبور در سال 1396 اشاره کرد. مدیران عامل سازمان های مناطق آزاد به همراه اعضای هیئت مدیره، علاوه بر قوانین و مقررات پیش گفته موظف به رعایت دستورالعمل اجرائی آیین نامه نحوه استفاده از زمین و منابع ملی نیز هستند که از سوی دبیر شورای عالی مناطق آزاد ابلاغ شده است.