مدرسه علمیه علیا، بنایی صفوی است که در بافت تاریخی تون کهن و فردوس امروزی قرار دارد. این مدرسه که دارای ساختار چهار ایوانی و پلان هشت ضلعی بوده در دوره صفویه و به دست فردی به نام میرعلی بیک ساخته شده است. مدرسه علیا تا پیش از زمین لرزه سال 1347 مورد استفاده طلاب و مدرسان علوم دینی بود ولی امروزه به عنوان اثر تاریخی توسط سازمان میراث فرهنگی نگهداری می شود. معماری این مدرسه در نوع خود کم نظیر است. پشت ایوان ورودی، هشتی واقع شده که در ضلع شرقی هشتی محل تدریس به شکل هشت ضلعی و پوشش گنبدی و در ضلع غربی آن، نمازخانه با تزئینات زیبای مقرنس و پوشش گنبدی واقع شده است.