مسجد جامع نطنز به سال 407 هجری قمری به دستور خلیفه فرزند حسین ماستری و به کوشش شمس الدین محمد بن علی نطنزی بنا شده است. درب دولنگه چوبی مسجد، منبت کاری زیبایی دارد که قسمتی از منبت کاری ها بر اثر عوامل جوی و تماس مستقیم با آفتاب ریخته و تاریخ ساخت آن 825 هجری قمری روی آن ذکر شده است که قدمت بیش از 600 ساله آن را نشان می دهد.

این مسجد زیبا با تمامی عظمت، فاقد هر گونه تزئینات کاشی کاری و منقش به گچ بری های زیبایی می باشد و قسمت بیرونی این مجموعه یعنی سردر خانقاه و مناره و پایه آن که در فاصله سال های 617 تا 527 ساخته شده با آجر کاشی به طرز بدیع و شگفت انگیزی پوشیده شده است. این مسجد 2 بخش دارد که قدیمی ترین آن مسجد گنبد آجری است که قدمتی 1050 ساله دارد. محراب شبستان دارای کاشی کاری های نفیسی بوده که در دوره قاجاری توسط یکی از شاهزاده های قاجار به سرقت رفته و در موزه لوور فرانسه نگهداری می شود. این مجموعه تاریخی دارای مناره بلند و زیبایی است که به واسطه سبک جالب و تزئینات کاشی کاری به ویژه کتیبه پهن و فیروزه ای در بدنه آن، نظر بسیاری از بازدیدکنندگان را جلب می نماید. ارتفاع مناره 37/20 متر بوده و 118 پله مارپیچی دارد. این مناره مابین سردرب کبود رنگ خانقاه و سردرب سفید رنگ مسجد قرار گرفته است.چشم نوازترین قسمت مجموعه را سردرب خانقاه تشکیل می دهد که منقش به طرح های گوناگون کاشی کاری شده است.