فهرست مطالب

فصلنامه ژنتیک نوین
سال دهم شماره 3 (پیاپی 42، پاییز 1394)

  • تاریخ انتشار: 1394/09/30
  • تعداد عناوین: 16
|
  • مقاله های پژوهشی
  • ایمان سلیمانی فرد، آذر شاه پیری * صفحات 305-312
    متالوتیونین ها (MTs) گروهی از پروتئین های با وزن ملکولی پایین و غنی از آمینواسید سیستئین هستند که به واسطه دارا بودن گروه تیول فراوان، با فلزات مختلف اتصال پیدا می کنند. در گیاهان ایزوفرم های مختلفی از MT وجود دارد. در این پژوهش به منظور بررسی نقش ایزوفرم OsMTI-3a از گیاه برنج که متعلق به تیپ3 می باشد، توالی کدکننده این ایزوفرم در ناقل بیانی pET41a همسانه سازی و به میزبان بیانی E. coli سویه Rosetta (DE3) ترانسفورم شد. پس از القای باکتری با IPTG، تولید این پروتئین همراه با شریک الحاقی GST در فاز محلول تایید شد. سویه شاهد نیز با انتقال پلاسمید بدون ژن به سویه Rosetta (DE3) تولید شد. مقایسه منحنی رشد سلول های باکتری بیان کننده پروتئین نوترکیب با باکتری شاهد در محیط حاوی هر یک از فلزات Cu، Zn، Cd و Ni و همچنین مقدار کاهش فلزات در محیط کشت و تجمع آن ها در رسوب باکتریایی توسط دستگاه طیف سنج جذب اتمی (AAS) نشان داد که سویه تراریخته قابلیت جذب فلزات را به صورت Cd>Ni>Zn>Cuدارد.
    کلیدواژگان: برنج بیان هترولوگ فلزات سنگین متالوتیونین E، coli
  • براتعلی فاخری*، سمیرا دباغ صفحات 313-328
    به منظور تعیین نواحی ژنومی کنترل کننده برخی صفات فیزیولوژیک در رگه های خالص نوترکیب گندم حاصل از تلاقی Seri M82 و Babax تحت شرایط طبیعی و تنش شوری، آزمایشی در قالب طرح آلفا لاتیس با دو تکرار اجرا شد. صفات محتوای پرولین، محتوای کربوهیدرات های محلول در آب، محتوای رطوبت نسبی، محتوای کلروفیل a، محتوای کلروفیل b، محتوای کلروفیل c (کارتنوئید)، غلظت سدیم، غلظت پتاسیم و نسبت آنها اندازه گیری شدند. تجزیه QTL با استفاده از نقشه پیوستگی ژنتیکی شامل 475 نشانگر AFLP، SSR و DArT به طول 4/1440 و متوسط فاصله 03/3 سانتی مورگان با نسخه 5/2 نرم افزار QTL کارتوگرافر به روش مکان یابی فاصله ای مرکب (CIM) انجام گرفت. نتایج تجزیه واریانس مرکب تفاوت معنی دار بین لاین ها را برای کلیه صفات مورد بررسی نشان داد. حداکثر همبستگی بین محتوای کلروفیل b و محتوای کارتنوئید مشاهده شد. برای صفات مورد بررسی در مجموع 23 جایگاه واجد QTL (10 و 13 جایگاه به ترتیب برای شرایط نرمال و تنش شوری) نقشه یابی شد. واریانس فنوتیپی تبیین شده به وسیله این QTL ها از 80/6 تا 65/15 درصد متغیر بود. بیشترین و کمترین واریانس فنوتیپی به ترتیب برای نسبت غلظت سدیم به پتاسیم و محتوای کارتنوئید در شرایط تنش شوری بدست آمد. نمره LOD در دامنه 87/7-10/3 قرار داشت. بیشترین و کمترین نمره LOD به ترتیب متعلق به QTL های نسبت غلظت سدیم به پتاسیم و محتوای کربوهیدرات های محلول در آب در شرایط تنش شوری بود. QTLهای Q6ARWC کنترل کننده محتوای آب نسبی برگ، Q3APro کنترل کننده محتوای پرولین، Q6AK کنترل کننده غلظت پتاسیم و Q4ANa/K کنترل کننده نسبت غلظت سدیم به پتاسیم در محیط های متفاوت مورد مطالعه تظاهر یافتند و از پایداری لازم برخوردار بودند. بنابراین احتمالا بتوان از آنها در برنامه گزینش به کمک نشانگر استفاده کرد. گزینش به کمک نشانگر برای این صفات ممکن است موجب افزایش مقاومت گیاه برای حفظ رشد آن در خاک های در معرض تنش شوری در مراحل بحرانی رشد شود.
    کلیدواژگان: تنش شوری صفات فیزیولوژیک گندم مکان ژن های صفات کمی
  • علیرضا عبدالمحمدی*، علی ویسی، علیرضا زبرجدی، علی مصطفایی، هادی آتشی، کیوان خانی صفحات 329-336
  • سمیه خون رز، حسین کمال الدینی، مسیح فروتن، *براتعلی فاخری صفحات 337-346
    به منظور بررسی تنوع ژنتیکی ارقام انگور سیستان، 33 رقم انگور (Vitis vinifera L) ایستگاه تحقیقاتی زهک توسط 10 آغازگر مبتنی بر رتروترانسپوزون از خانواده Ty1-copia و Ty3-gypsy مورد ارزیابی قرار گرفتند. میزان چندشکلی مشاهده شده در هر کدام از نشانگر های Vine1Fb، Gret1F.Rb، Gret1F.Ra و Gret1Rb به ترتیب 5/54، 0/83، 7/85 و 7/85 درصد بود. نتایج حاصل، این احتمال را تقویت کرد که رتروترانسپوزون Gert1 در فرایند تکامل گیاهان مورد تحقیق بیشتر جابجا شده و تعداد نسخه های بیشتری را داخل ژنوم تکثیر کرده است. تجزیه کلاستر بر اساس الگوریتم UPGMA و ضریب تشابه جاکارد ارقام مورد مطالعه را در ضریب تشابه 24/0 به یک گروه بزرگ با ده زیر گروه و یک گروه کوچک با دو رقم تقسیم کرد. بیشترین تعداد آلل موثر و بیشترین تنوع با میزان شاخص شانون 6565/0 مربوط به آغازگر VinF.b و کم ترین تعداد آلل موثر و کم ترین تنوع با میزان شاخص شانون 4226/0 به ترتیب مربوط به آغازگرهای Gret1R.a و VineF.R.b بود. نتایج حاصل از تجزیه به مختصات اصلی، نتایج حاصل از تجزیه خوشه ایرا تایید کرد و 6 مختصه استخراج کرد که در مجموع 5/45 درصد از تغییرات کل جامعه مورد مطالعه را توجیه کردند.
    کلیدواژگان: انگور تنوع رتروترانسپوزون IRAP
  • محمدرضا صفرنژاد، محمد علیمردانی، عبدالقادر سعدی زاده، مولود خلیلیان، محمدحسین دانشور، محمد علی ابراهیمی، غلامرضا صالحی جوزانی صفحات 347-358
    ریز جلبک Dunaliella salina از جمله جلبک های سبز تک سلولی متحرک می باشد که دارای توانایی بسیار بالایی برای رشد در شرایط شور بوده و به دلیل دارا بودن مزایای مختلف به عنوان یک کارخانه سلولی سبز جهت تولید فرآورده های ارزشمند دارویی از قبیل واکسن ها، هورمون ها، فاکتورهای رشد، آنتی بادی های مونوکلونال و سایر پروتئین های نوترکیب مورد توجه می باشد. در این تحقیق روش های انتقال ژن خارجی به این ریزجلبک مورد بررسی قرار گرفته است. در اولین قدم و به منظور استفاده از نشانگرهای انتخابی در فرآیند انتقال ژن، آزمون تعیین میزان حساسیت به ترکیبات بازدارنده رشد از قبیل کانامایسین، هیگرومایسین، کلرامفنیکل و فسفینوتریسین انجام شد. نتایج این آزمون حاکی از حساسیت ریز جلبک به فسفینوتریسین در غلظت 7 میکروگرم در میلی لیتر بود. برای انتقال ژن از روش های همزدن با ذرات شیشه، الکتروپوراسیون، اگروباکتریوم و بمباران با تفنگ ژنی استفاده شد. سازه های مورد استفاده در این تحقیق حاوی ژن های گزارشگر gus، ژن انتخابگر bar و همچنین ژن کدکننده آنتی ژن سطحی ویروس هپاتیت بی تحت کنترل پیشبر های 35S و یوبی کوئیتین بود. نتایج حاصله حاکی از موفقیت آمیز بودن روش استفاده از ذرات شیشه و همچنین تفنگ ژنی در فرآیند انتقال ژن بود. در این روش ها سلول های جلبک تراریخته قابلیت رشد خود را در محیط کشت حاوی نشانگر انتخابی فسفینوتریسین حفظ کرده و حضور و بیان ژن های خارجی و نشانگر انتخابی با روش های PCR و RT-PCR تایید شد. همچنین بیان ژن gus در سلول های تراریخته، با استفاده از رنگ آمیزی هیستوشیمیایی مورد تایید قرار گرفت.
    کلیدواژگان: انتقال ژن ریز جلبک ژن گزارشگر gus واکسن هپاتیت ب Dunaliella salina
  • میلاد حیدری، علی اکبر شاه نجات بوشهری*، سیدعلی پیغمبری، ولی الله محمدی صفحات 359-366
    در دهه های گذشته ژن های پاکوتاهی مهم ترین نقش را در افزایش عملکرد گندم داشته اند. در این پژوهش ترکیب آللی سه ژن پاکوتاهی Rht5، Rht8 و Rht9 در 150 رقم اصلاح شده گندم نان به کمک نشانگرهای اختصاصی بررسی شده و واکنش آنها به اسید جیبرلیک (GA3) برای تشخیص آلل های Rht1 و Rht2 مطالعه شد. آلل پاکوتاهی Rht9 با 56/41 درصد بیشترین و Rht5 با 92/27 درصد کمترین فراوانی را در ارقام مورد مطالعه داشتند. حضور آلل های پاکوتاهی در ارقام با منشاء خارجی نسبت به ارقام ایرانی بیشتر بود. نتایج نشان داد که برنامه های به نژادی ایران طی گذشت زمان به کاهش ارتفاع و افزایش تجمع آلل های پاکوتاهی منجر شده است. کاتالوگ ژنی تهیه شده در این پژوهش می تواند به نژادگران را در شناخت و انتخاب والدین مناسب برای تلاقی یاری کند
    کلیدواژگان: پاکوتاهی گندم نان هورمون جیبرلین DNA Rht
  • فاطمه ملکی*، رضا فتوت، محمدرضا عظیمی، فرید شکاری، زهرا سادات شبر صفحات 367-378
    سالیسیلیک اسید مولکول پیام رسان مهم در پاسخ گیاهان به تنش ها می باشد. در پژوهش حاضر، پاسخ متفاوت دو رقم گندم نان به تنش شوری (صفر، 5/0، 1 و 5/1 گرم کلرید سدیم در هر کیلوگرم خاک) و پرایمینگ بذر با سالیسیلیک اسید (1200 میکرو مولار) مورد مطالعه قرار گرفت. تنش شوری موجب کاهش معنی دار (01/0≥P) وزن خشک گیاهچه در مورد هر دو ژنوتیپ شد. گیاهان پرایم شده با سالیسیلیک اسید که تحت تنش شوری 5/1 گرم کلرید سدیم در کیلوگرم خاک رشد کرده بودند زیست توده بیشتری در ریشه و شاخسار گیاهچه های گندم تولید کردند. تیمار شوری موجب افزایش بیان ژن های NHX1 و SOS1 در ریشه شد. میزان بیان ژن ها در گیاهان پرایم شده با سالیسیلیک اسید در مقایسه با گیاهان پرایم شده با آب، بالاتر بود. میزان رونویسی NHX1 پس از تیمار با کلریدسدیم و سالیسیلیک اسید به طور معنی داری افزایش یافت. نتایج نشان می دهد که در رقم متحمل به تنش شوری، مکانیسم های متفاوتی اعم از اجتناب از ورود یون سدیم یا تجمع سدیم در اندامک های سلولی توسعه یافته است. بنابراین، سالیسیلیک اسید ممکن است از طریق فعال کردن پروتئین کینازهایی که در مسیر انتقال پیام تنش شوری قرار دارند بیان ژن های SOS1 و NHX1 را تنظیم کرده و سرانجام تحمل به تنش شوری را افزایش دهد.
    کلیدواژگان: سالیسیلیک اسید شوری گندم NHX1 SOS1
  • محمد ضابط*، فاطمه افشاری صفحات 379-390
    در این پژوهش مطالعه سیتوژنتیکی اکوتیپ های استهبان، اردبیل، مشکین شهر و ایلام از گونهMillefolium و اکوتیپ های الیگودرز و اراک از گونهSantolina انجام گرفت. پس از پیش تیمار مریستم نوک ریشه، تثبیت، هیدرولیز و رنگ آمیزی؛ انتخاب صفحه گسترش متافازی مناسب صورت گرفت و از نمونه ها با فتومیکروسکوپ عکس-برداری شد و مورفولوژی کروموزوم ها بررسی شد. نتایج نشان داد که عدد پایه کروموزومی در شش اکوتیپ x=9 بود. سه اکوتیپ الیگودرز، اردبیل و مشکین شهر دیپلوئید (2n=2x=18) و سه اکوتیپ اراک، ایلام و استهبان تتراپلوئید (2n=4x=36) بودند. با اندازه گیری پارامترهای مختلف کاریوتیپی L (طول بازوی بلند کروموزوم)، S (طول بازوی کوتاه کروموزوم)، T (طول کل کروموزوم) مشخص شد که در میان اکوتیپ های مورد مطالعه از نظر بازوی کوتاه (S) بیشترین دامنه تغییرات (2/1) مربوط به اکوتیپ الیگودرز و کمترین دامنه تغییرات (2/0) مربوط به اکوتیپ اردبیل بود. از نظر بازوی بلند (L) اکوتیپ الیگودرز با 7/2 بیشترین دامنه تغییرات و اکوتیپ ایلام و اراک با 8/0 کمترین دامنه تغییرات را داشت. دامنه تغییرات طول کل کروموزوم (T) در اکوتیپ الیگودرز با 9/3 بیشترین و در اکوتیپ اراک با 2/1 کمترین بود. از نظر دامنه تغییرات شاخص هازیوارا (%F) اکوتیپ مشکین شهر با مقدار 84/20 بیشترین و اکوتیپ استهبان با مقدار 7 کمترین دامنه تغییرات را داشت. دامنه تغییرات طول نسبی کروموزوم (%RL) اکوتیپ الیگودرز با 82/7 حداکثر و اکوتیپ ایلام با 57/1 حداقل بود. بررسی تقارن کاریوتیپ بر اساس روش های %TF،DRL و %S نشان داد که متقارن ترین کاریوتیپ مربوط به اکوتیپ اراک و نامتقارن ترین کاریوتیپ مربوط به اکوتیپ استهبان و الیگودرز بود. بنابراین اکوتیپ اراک قدیمی تر از سایر اکوتیپ ها و اکوتیپ های استهبان و الیگودرز متکامل ترین اکوتیپ ها می باشند.
    کلیدواژگان: بومادران تقارن سیتوژنتیک کاریوتیپ کروموزوم
  • امین الله چلوی*، رضا فتوت، افشین توکلی، زهرا سادات شبر صفحات 391-398
    خشکی یکی از تنش های مهم محیطی می باشد که گیاهان را از جهات مختلف تحت تاثیر قرار می دهد و وقوع گسترده آن منجر به خسارات اقتصادی در بخش کشاورزی می شود. به منظور تعیین غلظت عنصر سیلیکون، ردیابی و مطالعه الگوی بیان ژن های درگیر در جذب عنصر سیلیکون در گندم، ارقام یاواروس، نوید، هامون و N -80-19 در گلخانه در شرایط طبیعی و تنش خشکی در قالب آزمایش فاکتوریل بر پایه طرح کاملا تصادفی کشت شد. در مرحله چهار برگی با قطع آبیاری تیمار خشکی اعمال شد. چهار روز بعد از قطع آبیاری نمونه گیری از بافت ریشه برای استخراج RNA و از بافت برگ جهت تعیین میزان غلظت سیلیس صورت گرفت. نتایج تجزیه واریانس غلظت عنصر سیلیس در ارقام مورد آزمایش نشان داد که بین تیمار خشکی و کنترل در رقم نوید اختلاف معنی داری وجود دارد و در سایر ارقام اختلاف معنی داری مشاهده نشد. در شرایط خشکی بین ارقام تفاوت معنی داری وجود نداشت در حالی-که در شرایط کنترل ارقام تفاوت معنی داری را نشان دادند. بیان ژن Tasi1 در واریته نوید تحت تیمار های کنترل و خشکی اختلاف معنی داری نشان داد که بیانگر تاثیر تنش خشکی بر افزایش بیان این ژن بود. بیان این ژن در سایر واریته ها تحت تیمار های مورد مطالعه اختلاف معنی داری نداشت. بیان ژن ردیابی شده Tasi2 نیز در سایر واریته ها تحت تیمارهای کنترل و خشکی تفاوت معنی داری نداشت.
    کلیدواژگان: خشکی سیلیکون گندم RNA Transporter
  • ریحانه عبادی، راضیه پوراحمد*، محمدرضا محزونیه صفحات 399-406
    در E. coli مقاومت آنتی بیوتیک چندگانه و تحمل حلال های آلی به تولید بیش از حد کمپلکس AcrAB-TolC نسبت داده شده است. بیان اپرون acrAB به وسیله فعال کننده های رونویسی نظیر MarA کنترل می شود. MarA توسط اپرون marRAB کد می شود که بیان این اپرون به صورت طبیعی توسط MarR، بازدارنده خودی اپرون mar، در یک سطح پایین نگه داشته می شود. اهداف این تحقیق جداسازی موتان های دارای مقاومت آنتی بیوتیک چندگانه از موتان های gyrA باکتری E. coli و تعیین محل موتاسیون های احتمالی در marOR می باشد. MICها برای آنتی بیوتیک های تتراسیکلین و کلرآمفنیکل در ده موتان gyrA با سطوح متفاوت مقاومت برای سیپروفلوکساسین با روش رقت های متوالی در محیط مایع تعیین شد. تحمل نسبت های مختلف از حلال های آلی هگزان و سیکلوهگزان در محیط جامد تعیین شد. حضور جهش با تکثیر ناحیه marOR شامل ناحیه بالادست ژن marR و خود ژن marR با استفاده از PCR و تعیین توالی بررسی شد. با استفاده از نرم افزار CLC توالی حاصل با توالی marOR از سویه تیپ وحشی (MG1655) که از پایگاه اطلاعاتی NCBI به دست آمد مقایسه شد. مقایسه میانگین MICها نشان داد که سه موتان از ده موتان نسبت به MG1655 به تتراسیکلین اندکی مقاوم تر بودند. میانگین شمارش کلنی ها نشان داد که سه موتان فوق رشد بهتری بر روی هگزان داشتند. در بین سه موتان، دو موتان یک جهش در marOR داشتند. این سه موتان در جدا سازی کلون های با MIC بالاتر برای تتراسیکلین استفاده شدند. میانگین شمارش کلنی ها نشان داد که این کلون ها رشد بهتری بر روی هگزان در مقایسه با موتان های اولیه داشتند و همچنین آن ها جهش اضافی در ناحیه marOR پیدا نکردند. بنابراین ایجاد جهش در marOR به تنهایی در تولید فنوتیپ مقاومت چند دارویی و فعال-شدن کامل AcrAB-TolC کافی نیست.
    کلیدواژگان: اپرون marRAB، مقاومت چند دارویی، AcrAB، TolC، MarA، MarR
  • فضیله اسماعیلی، بهروز شیران*، ندا میرآخورلی، حسین فلاحی صفحات 407-416
    میکرو RNAها، RNAهای کوچکی هستند که هیچ پروتئینی کد نمی کنند و به عنوان تنظیم کننده های منفی بیان ژن در یوکاریوت ها فعالیت دارند. miR159 وmiR171 میکرو RNAهای مهمی هستند که در رشد و نمو گیاه و همچنین پاسخ به تنش نقش دارند. در این پژوهش نقش miR159 و miR171به عنوان میکرو RNAهای کلیدی در برگ هلو و بادام و هیبرید GN بررسی شد. به این منظور دو سطح تنش ملایم و شدید خشکی جهت مقایسه با نمونه شاهد در نظر گرفته شد. استخراج RNA برای هر سه نمونه انجام شد و در مرحله بعد سنتز cDNA ساقه-حلقه صورت گرفت. همچنین بروز miR171 و miR159 با روش qRT-PCR بررسی شد. مقایسه بین نمونه شاهد و تنش، و بررسی معنی دار بودن بیان میکروRNAها و ژن های هدف آن ها با استفاده از آزمون T-test دوتایی انجام شد. شبکه ژنی برای این میکروRNAها تحت تنش خشکی با استفاده از نرم افزار Pathway studio 7 رسم شد. نتایج، نشان داد که miR159 و miR171 به تنش خشکی پاسخ دادند. ژن های MYB33 و SCL6 به ترتیب به عنوان ژن هدف miR159 و miR171 به صورت بیوانفورماتیکی پیش بینی شدند. این دو ژن در رشد و نمو گیاه دخیل هستند. رشد ضعیف یکی از ویژگی های مشخص گیاهان تحت شرایط تنش به خصوص تنش خشکی است که باعث کاهش متابولیسم گیاه و تغییر مسیر منابع غذایی در جهت سازش با شرایط جدید می شود. miR159و miR171 با توجه به ماهیت ژن هدف شان در تنظیم و توسعه گیاه نقش داشتند و طی شرایط تنش، تغییر بیان معنی داری نشان دادند.
    کلیدواژگان: بادام، تنش خشکی، RNA میکرو، هلو، cDNA
  • معصومه فرخ نیا، بابک عبدالهی مندولکانی*، حامد دولتی بانه، ایرج برنوسی صفحات 417-428
    به منظور مطالعه چند شکلی ادغامی خانواده های رتروترنسپوزونیTvv1، Edel، Vine1، Gentilو Huben و تنوع ژنتیکی در 67 رقم زراعی و ژنوتیپ های وحشی انگور (Vitis vinifera L.) از نشانگرهای IRAPو REMAP استفاده شد. در مجموع 103 مکان با استفاده از دو آغازگر IRAP و 13 ترکیب آغازگری REMAP تولید شد که از این تعداد، 83 مکان (58/80 درصد) چند شکل بودند. مقادیر شاخص تنوع نی برای آغازگرها از صفر (آغازگرGentil-A7) تا 38/0 (آغازگر Tvv1-808) متغیر بود. میانگین شاخص تنوع نی در کل ارقام مطالعه شده 27/0 بود. دامنه ضرایب تشابه ژنتیکی دایس بین ارقام از 57/0 (رقم H6 با دسترچین) تا یک (رقم رشه اصل با سیاه معمولی) متغیر و میانگین آن 78/0 بود. بیشترین مقادیر شاخص تنوع نی، تعداد الل های موثر (Ne) و شاخص اطلاعاتی شانون (I) مربوط به خانواده رتروترنسپوزونی Tvv1 و به ترتیب 32/0، 54/1 و 47/0 بود که بیانگر تحرک و چند شکلی زیاد این خانواده در ارقام مطالعه شده می باشد. تجزیه کلاستر بر اساس ضریب تشابهDice و الگوریتم UPGMA ارقام مورد مطالعه را در شش گروه اصلی قرار داد و نمونه های زراعی و وحشی را از هم متمایز کرد. شباهت و تمایز ارقام بر اساس نتایج حاصل از تجزیه کلاستر ژنوتیپ های مورد مطالعه، به وسیله روش های مبتنی بر مدل با استفاده از نرم افزار Structure 2.3.1 تایید شد. نتایج نشان داد خانواده های رتروترنسپوزونی مورد استفاده به ویژه Tvv1 در ژنوم انگور به لحاظ انتقالی فعال بوده و می توان از نشانگرهای مبتنی بر این خانواده در تمایز ارقام و ژنوتیپ های انگور استفاده کرد.
    کلیدواژگان: انگور، تنوع ژنتیکی، رتروترنسپوزون، IRAP، REMAP
  • سون آی بغدادی، سعید نصرالله نژاد، فروه سادات مصطفوی نیشابوری*، محمدصفا بغدادی صفحات 429-436
    ویروس وای سیب زمینی (Potato virus Y، PVY) یکی از رایج ترین و مخرب ترین ویروس های یافت شده در سیب زمینی بوده و پراکنش جهانی دارد. به طورکلی PVY دارای سه نژاد اصلی PVYN، PVYC، PVYO و دو نژاد نوترکیب PVYNTN و PVYWilga می-باشد. به منظور تعیین نژاد های این ویروس در استان گلستان نمونه برداری از مزارع سیب زمینی صورت گرفت. نمونه ها با روش الایزای غیر مستقیم با آنتی سرم اختصاصی PVY آزمون شدند. تهیه cDNA از نمونه های مثبت انجام شده و سپس واکنش RT-PCR انجام شد. محصول نهایی PCRتعیین ترادف شد و ترادف ها با ترادف سایر نژاد های PVY موجود در بانک ژن مقایسه شدند. سه نژاد PVYN، PVYO و PVYWilga برای اولین بار در این استان بر روی میزبان مذکور یافت شد. آنالیزهای فیلوژنتیک این جدایه ها نشان داد که نژاد های PVY در چهار گروه مجزا قرار گرفته و نژاد های ایران بیشترین شباهت را با نژاد های کشورهای لهستان، آلمان، کانادا و برزیل داشت. نژاد PVYN با 03/64 درصد پراکنش به عنوان نژاد غالب در مزارع سیب زمینی استان گلستان شیوع دارد.
    کلیدواژگان: نژاد، آنالیزهای فیلوژنتیک، اندامک درونهستهای بزرگ، پروتئین پوششی، ویروس وای سیبزمینی
  • حمید بینا، حامد یوسف زاده*، محمد اسماعیل پور، امید اسماعیل زاده صفحات 437-446
    توس یکی از قدیمی ترین درختان به جای مانده در جنگل های هیرکانی است و از نظر حفاظت ذخایر ژنتیکی در گروه گیاهان کم گسترده، کم یاب و در معرض خطر انقراض قرار دارد. دورگه ای شدن و پلی پلوییدی در جنس توس سبب ایجاد شباهت و اختلاف نظر در شناسایی دقیق تعدادگونه های این جنس در دنیا شد. این تحقیق با بکارگیری نشانگر بین ژنی trnH-psbA به بررسی جایگاه رده بندی و قرابت ژنتیکی توس ایران با سایرگونه های توس در دنیا پرداخته است. برای این منظور ناحیه بین ژنی trnH-psbA به روش PCR تکثیر شد. تحلیل مقایسه ای از تعیین توالی محصولات PCR پنج رویشگاه با 17 توالی ثبت شده این ناحیه از دیگر گونه های توس در بانک ژنی صورت گرفت. نتایج درخت فیلوژنی به روش حداکثرشباهت، نشان داد توس ها در سه کلاد A، B و C تقسیم شدند که نمونه های ایران همگی در کلاد A قرار گرفتند. نمونه توس شهرستانک در زیرکلاد Aa و چهار نمونه دیگر توس های مورد مطالعه در ایران واقع در سیاه مرزکوه، سنگده، نوشهر و مارمیشو در زیرکلاد Ab قرار گرفتند. بر اساس روش ABGD گونه های توس موجود در ایران در سه گروه مجزا قرار گرفتند. بر اساس روش K2P گونه توس موجود در شهرستانک به عنوان اولین گروه مجزا شده در درخت فیلوژنی، بیشترین شباهت را با گونه B. pendula داشت. به طور کلی، این تحقیق هم راستا با مطالعه ریخت شناسی، از قرارگیری توس های ایران در زیر جنس Betula حمایت می کند
    کلیدواژگان: بارکدینگ DNA، پلیپلوییدی، تنوع هاپلوتیپی، فیلوژنی، trnH، psbA
  • مقاله کوتاه
  • سیده فاطمه رشیدایی*، حشمت الله رحیمیان، غلامعلی رنجبر صفحات 447-450
    باکتری های مولد هسته یخی با افزایش جمعیت و فعالیت خود باعث سرمازدگی گیاهان در دماهای بالاتر از معمول می شوند. اساس ژنتیکی هسته های یخی باکتریایی به صورت تک ژن کروموزومی ina(Ice nucleation active) میباشد. برای ایجاد جهش در ژن ina، باکتری شبه Pseudomonas viridiflava از ماده EMS در دو غلظت 20 و 25 میکرولیتر در میلی لیتر استفاده شد. جهت ردیابی ژن ina در جدایه های شبه P. viridiflava از روش واکنش زنجیره ای پلی مراز با یک جفت آغازگر اختصاصی ژن ina که از روی نواحی حفظ شده ژن هسته یخ در چندین گونه باکتری مولد هسته یخی، طراحی شد، استفاده شد. فعالیت هسته یخ با آزمون انجماد قطره ای ارزیابی شد. برای بررسی از دست رفتن فعالیت هسته یخی، سوسپانسیون حاوی 107 سلول در میلی لیتر هر جهش یافته بر روی گیاهچه-های پرتقال پاشیده شده و از گیاهچه تیمار شده با آب مقطر استریل به عنوان شاهد منفی استفاده شد. گیاهان به مدت 7 تا 10 ساعت در دمای 10- درجه سانتی گراد نگهداری شدند و سپس به گلخانه برگردانده شدند. تعدادی از جهش یافته های به دست آمده در گیاهچه ها ایجاد یخ زدگی نکردند.
    کلیدواژگان: جهش، هسته یخ، EMS، Pseudomonas viridiflav
  • مریم نصرالله پورمقدم، هادی پورباقر*، سهیل ایگدری صفحات 451-454
    سایپرمترین یکی از موثرترین سموم پایرترویید است که به آسانی وارد اکوسیستم های آبی می شود. در مطالعه حاضر، اثر دفعات غذادهی بر سمیت سایپرمترین در ماهی گورخری صوفیا (Aphanius sophiae) مورد بررسی قرار گرفت. پس از سپری شدن 14 روز از قرارگیری ماهیان در تیمارهای مختلف شامل عدم حضور سم و غذادهی هر سه روز یک بار فقط در نوبت صبح، عدم حضور سم و غذادهی هر روز در دو نوبت صبح و عصر، حضور سم و غذادهی هر سه روز یک بار فقط در نوبت صبح و غذادهی هر روز در دو نوبت صبح و عصر به همراه حضور سم، استخراج DNA از بافت کبد انجام شد. سپس شکستگی DNAبعد از الکتروفورز در ژل آگارز با استفاده از روش کنترل منطق فازی بررسی شد. نتایج نشان داد فاکتورهای سم و دفعات غذادهی دارای اثر بسیار معنی داری بر شکستگی DNA هستند.
    کلیدواژگان: سایپرمترین، DNA شکستگی، ماهی گورخری صوفیا، منطق فازی
|
  • Soleimanifard I., Shahpiri A.* Pages 305-312
    Metallothioneins (MTs) are a group of low molecular weight and cystein-rich proteins that can bind metal ions through their thiol groups. In plant different MT isoforms are present. In this study, in order to study of the role of this protein, the coding sequence of gene encoding OsMTI-3a from rice (Oryza sativa), was cloned in pET41a and transferred into expression host, Escherichia coli strain Rosetta (DE3). After induction with IPTG, considerable amount of recombinant proteins was produced in the soluble fraction of the E.coli transformation. The tolerance of cells expressing recombinant proteins toward either Ni, Cu, Cd and Zn were compared to control by plotting their growth curve. In addition the amount of metal that was removed from medium or accumulated in the cells were determined using atomic adsorption spectroscopy (AAS). The results show that the isoform OsMTI-3a has ability to bind metals as follows: Cd>Ni>Zn>Cu.
    Keywords: E. coli, Heavy metal, Expression, Metallothionein, Rice
  • Fakheri Ba*, Dabbagh S Pages 313-328
    In order to determine the genomic regions of some physiological traits of "Seri M82×Babax" derived of 167 recombinent inbred line population of wheat under normal and salinity stress conditions, an experiment was conducted in two randomized alfa lattice design with two replications. Traits such as prolin content, water soluble carbohydrate, relative water content, chlorophyll a, chlorophyll b, chlorophyll c, Na+, K+ and Na+/K+ rario were measurerd. QTL analysis was carried out using genetic linkage map derived from 475 AFLP, SSR and DArT markers with total length of 1440.4 and the average distance of 3.03 cM and QTL cartographer 2.5 software with composite interval mapping method. Combined analysis of variance showed significant differences between lines for all studied traits. Maximum correlation was between chlorophyll b and chlorophyll c traits. In general, 23 QTLs were found for studied traits (10 and 13 QTLs for normal and stress conditions, respectively). Phenotypic variances that were explained by these QTLs changed from 6.80 to 15.65. The highest and lowest phenotypic variances were found for Na+/K+ ratio and chlorophyll c in the stress condition. LOD scores were ranged from 3.10 to 7.87. The highest and lowest LOD scores were attained for Na+/K+ ratio and water soluble carbohydrate in the stress condition. Q6ARWC of QTL controlling leaf relative water content, Q3APro controlling proline content, Q6AK controlling potassium concentration, Q4ANa/K controlling sodium to potassium ratio in different environments studied were present and had the necessary stability. So they might be used in marker assisted selection programs. Marker assisted selection for this trait may increase the resistance of plants to maintain growth in soils exposed to salt stress at critical stages of its growth.
    Keywords: Physiological traits, QTL, Salinity stress, Wheat
  • Abdolmohammadi Ar*, Veisi A., Zebarjadi Ar, Mostafaei A., Atashi H., Khani K Pages 329-336
    This study was conducted in order to investigate polymorphism of the growth hormone gene and its relationship with twining trait in 150 individuals from Markhoz breed goats of Iran. In sequencing process of PCR products, a SNP C>A in the promoter of growth hormone gene was observed at 87 nucleotide of the fragment amplified. The frequency of 0.72 and 0.28 were obtained for CC and CA genotypes, respectively. Shannon’s information index (I) was estimated equal to 0.40 and it indicated high genetic diversity in promoter of growth hormone gene for this population. The Chi-square statistics (3.86) showed Hardy-Weinberg disequilibrium in the population (P<0.05). Odds ratios (ORs) statistics for twinning trait was estimated 1.12 (P>0.05) and 5.14 (P<0.1) in the first parity compared to the second and third parity, respectively and as well as 5.81 (P<0.05) in the second parity compared to the third parity. Therefore, the results obtained for twining rate in different parities showed a superiority for twining rate as parity 1> parity 2> parity3. The Chi-square (0.04) and as well as OR (1.035) statistics demonstrated non-significant differences between two CC and CA genotypes of growth hormone gene promoter for twining rate (P>0.05). Based on the results, it can be suggested to investigate other polymorphisms in growth hormone gene or candidate genes for twining rate in order to improve twining rate in Markhoz goats.
    Keywords: Growth hormone gene, Markhoz goat, Odds ratio, PCR, SSCP, Twining
  • Khunraz S., Fakheri Ba*, Forootan M., Kamal Aldini H Pages 337-346
    To study the genetic diversity of Sistan grape cultivars, 33 grapes varieties (Vitis vinifera L) of Zahak Research Station were evaluated by 10 retrotransposons based primers from ‘Ty1-copia’ and ‘Ty3-gypsy’ families (IRAP). The observed polymorphism for any markers Vine1Fb, Gret1F.Rb, Gret1F.Ra and Gret1Rb were 54.5, 83.0, 85.7 and 85.7%, respectively. The results, revealed this probability that the Gret1 retrotransposon in evolution process of these plants has been more translocated and amplified the number of additional copies within the genome. Cluster analysis based on Jaccard's similarity coephicient and UPGMA algorithm was divided the population into two groups at 0.24 similarity coephicient; one group with ten sub-groups and one group with two varieties. The most number of effective allele and the most diversity were related to VineF.b primer with 0.6565 Shannon’s index and the least number of effective allele and the least diversity were related to Gret1R.a and VineF.R.b primers with 0.4226 Shannon’s index, respectively. The results of principal coordinate analysis revealed the results of cluster analysis and extracted six coordinates that explained 45.5% of the total variation of the studied population.
    Keywords: Diversity, Grapevine, IRAP, Retrotransposon
  • Safarnejad Mr, Alimardani M., Sadizadeh A., Khalilian M., Daneshvar Mh, Ebrahimi Ma, Salehi Jouzani Gh* Pages 347-358
    Microalgae Dunaliella salina is a single-cell eukaryotic organism which is able to grow in high salt concentration. It has several advantages as a green bioreactor for producing of several pharmaceutical drugs including vaccines, hormones, growth factors, monoclonal antibodies and other recombinant proteins. In present study some gene transformation methods were applied for insertion of foreign genes into the microalgae cells. In the first step and to determine suitable selectable marker, some growth inhibitory compounds, such as kanamycin, hygromaicin, chloramphenicol and phosphinotricine were used. The results indicate the sensitivity of microalgae D. salina to phosphinotricine in concentration of 7 µg/ml. Then, the gene bar, encoding phosphinotricine transferase, was introduced as selectable marker in transformation process. The methods applied in gene transformation include agitation with glass beads, electroporation and gene gun bombardment. The constructs containing the GUS gene applied for optimizing of the transformation process. To evaluate the effect of different promoters, the cauliflower mosaic virus 35S and maize ubiquitine promoters were used for expression of the GUS reporter gen. The expression of GUS reporter gene was evaluated by histochemical staining method. The results obtained here proved efficiency of the glass beads method for successful expression of foreign gene. In stable nuclear transformation methods, the transformed D. salina cells were cultured on media containing phosphinotricine selectable marker. These results proved capability of 35S promoter in transformation using glass beads method. The construct harbouring HBsAg gene was applied for gene transformation into microalga by using biolistic, glass beads agitation and agrobacterium co-cultivation. The transformed cells were moved into selective media. The presence of foreign gene in the transformed cells was analyzed by molecular approaches including PCR and RT-PCR. These results prove capability of biolistic and glass bead approaches for successful gene transformation into D. salina.
    Keywords: Dunaliella salina_Gene transformation_Gus reporter gene_Hepatitis B virus_Microalgae
  • Heydari M., Shahnejat Bushehri Aa*, Peyghambari Sa, Mohammadi V Pages 359-366
    Wheat is the most important grain food in viewpoint of cultivation and production. Dwarfing is one of the important traits in plant breeding and has critical role in Green Revolution. In this study, the Dwarfing allelic compositions (Rht5, Rht8 and Rht9) were tested in 150 wheat cultivars and in order to recognition of Rht1 and Rht2, their response to Gibberellic acid (GA3) was analyzed. In studied cultivars, Rht9 has highest frequency (41.56%), and Rht5 has lowest frequency (27.92%). The presence of dwarfing alleles in foreign originated cultivars was more than Iranian cultivars. Generally, accumulation of dwarf alleles had been the main trends in Iranian wheat breeding program. In conclusion, our results can provide a genetic Catalogue for commercially varieties of wheat which can be used in improvement programs. Improvement of our understanding about these cultivars can helpful in parents and offspring’s selection.
    Keywords: DNA, Dwarf height, Rht, Gibberellin hormone, Wheat
  • Maleki F.*, Fotovat R., Azimi Mr, Shekari F., Shobbar Zs Pages 367-378
    Salicylic acid (SA) is an important signaling molecule involving in plant response to stresses. In the current research, different responses of two wheat (Triticum aestivum L.) cultivars to salinity (0, 0.5,1 and 1.5 g NaCl per Kg of soil) and seed priming with 1200 uM salicylic acid (SA) were studied. Salinity stress significantly reduced seedling dry weight in both genotypes (P≤ 0.01). Plants primed with salicylic acid under salt stress, 1.5 g NaCl per Kg of soil, produced greater biomass in the shoots and roots of wheat seedlings. Salt treatment increased the expression levels of NHX1 and SOS1 in roots of wheat seedlings. Expression levels of the genes were higher in the plants primed with SA as compared with water primed plants. The expression levels of NHX1 increased significantly after treatment with NaCl and salicylic acid. Our data suggests that different mechanisms, including Na+ avoidance or accumulation in cellular compartments, have been developed in salt-tolerant wheat cultivar. Therefore, it is possible that salicylic acid up-regulates the expression of genes SOS1 and NHX1 through the activation of protein Kinases in salt stress signaling pathways, and finally increases tolerance to salinity.
    Keywords: NHX1, Salicylic acid, Salinity, SOS1, Wheat
  • Zabet M.*, Afshari F Pages 379-390
    In this research a cytological study was performed on six ecotypes of two Achillea species growing in Iran including Achillea millefolium and Achillea santolina. The root apical meristem of ecotypes was used. After pretreatment, fixation, hydrolysis, staining and selecting the appropriate metaphase plate and photographing of samples with photomicroscope was determined the chromosome morphology. The results showed that the basic number of chromosome is x=9 in 6 Achillea ecotypes. Three ecotypes including Aligoodarz, Meshkinshahr and Ardabil were diploid with 2n=2x=18 and three ecotypes including Arak, Ilam and Estahban were tetraploid with 2n=4x=36. The different Karyotypic parameters including L (chromosome long- arm length), S (chromosome short-arm length) and T (chromosome total length) were measured. The results showed that the maximum range of S was 1.2 in Aligoodarz ecotype and minimum range of S was 0.2 in Ardabil ecotype. The maximum range of L was 2.7 in Aligoodarz ecotype and minimum range of L was 0.8 in Ilam and Arak ecotypes. The maximum range of T was 3.9 in Aligoodarz ecotype and minimum range of T was 1.2 in Arak ecotype. The maximum range of Huziwara index %F was 20.84 in Meshkinshahr ecotype and minimum range of %F was 7 in Estahban ecotype. The maximum range of %RL was 7.82 in Aligoodarz ecotype and minimum range of %RL was 1.57 in Ilam ecotype. The evaluation of karyotypic symmetry parameters on Stebbins and Levan methods including %S, DRL, %TF showed that the most symmetric ecotype was Arak and the most asymmetric ecotypes were Estahban and Aligoodarz. Therefore Arak ecotype is old ancient species and Estahban and Aligoodarz ecotypes are new and more development.
    Keywords: Achillea sp., Chromosome, Cytogenetic, Karyotype, Symmetry
  • Chalavi A.*, Fotovat R., Tavakoli A., Shobbar Zs Pages 391-398
    Drought is one of the major environmental stresses that affect plants in different ways, and its massive occurrence resulted in economic losses in agriculture. Investigating the expression of aquaporin proteins genes is a way to clarify the mechanism of plant response to drought stress at the molecular level. in order to determine silicon element concentration, trace, and the expression pattern of genes involved in silicon uptake in wheat, the values of Yavarous, Navid, Hamoun, and N-80-19 were cultivated in the greenhouse under normal and dry treatments as factor design based on a completely randomized design. In the greenhouse conditions and in four-leaf stage, drought treatment was applied by interrupting the irrigation. The results of variance analysis of the concentration of silicon element in experimental values of four-leaf stage showed that there is a significant difference between Navid values of drought treatment and control treatment, and there was no significant difference between other values. There was no significant difference in drought conditions. In the control conditions, the values showed significant difference. Tasi1 gene expression showed significant difference in Navid variety under drought and control treatments which indicate the drought impact on increased expression in Navid varieties. Tasi1 gene expression in other varieties under different treatments was not significant. Tasi2 detected gene expression in other varieties under drought and control treatments did not differ significantly.
    Keywords: Drought, RNA, Silicon, Transporter, Wheat
  • Ebadi R., Pourahmad R.*, Mahzonieh M Pages 399-406
    Multiple antibiotic resistance and organic solvents tolerance have been attributed to overproduction of the AcrAB-TolC complex in E. coli. The expression of acrAB operon is controlled by transcriptional activators such as MarA. MarA is encoded by operon marRAB which its expression is normally maintained at low level by the MarR, autorepressor of mar operon. The aims of this research are isolation of multiple antibiotic resistant mutants from E. coli gyrA mutants and also localization of possible mutations in marOR. MICs for tetracycline and chloramphenicol in 10 gyrA mutants with different levels of resistance to ciprofloxacin were determined by sequential dilution method in liquid medium. Tolerance of different ratios of organic solvents, including hexane and cyclohexane in solid medium was determined. Presence of mutation was investigated by amplification of marOR region, including upstream of marR and marR itself with PCR and DNA sequencing. By using CLC software, obtained sequences were compared with that of control strain (MG1655) obtained from NCBI. Comparison of mean MICs showed that 3 out of 10 mutants were slightly more resistant to tetracycline than MG1655. Comparison of mean of colony count showed that 3 above mutants had better growth on hexane. Among three mutants, two possess a mutation in marOR. These three mutants were used to isolates clones with higher MICs for tetracycline. Mean of colony count showed that these clones gained better growth on hexane and also they did not acquire extra mutation in marOR region. It is concluded that generation of mutation in marOR is not enough by itself to produce the multidrug resistance phenotype and complete activation of AcrAB-TolC.
    Keywords: AcrAB, TolC, Multidrug resistance, marRAB operon, MarA, MarR
  • Esmaeili F., Shiran B.*, Mirakhorli N., Fallahi H Pages 407-416
    Micro RNAs are a class of small RNAs which dont code any protein, and they act as a negative regulator of gene expression in eukaryotes. miR159 and miR171 are the most important microRNAs playing a role in plant development and response to stress. In this study miR159 and miR171 were detected in peach, almond and GN leaf tissues. Two levels of drought stress was considered. RNA was extracted before (control) and after (stressed) the stress treatments and the miRNA stem–loop reverse transcription was accomplished. Expression level differences upon drought stress measured with qRT-PCR. To construct miRNA and target gene networks, RESNET Plant database of Pathway Studio software 7 (Ariadne Genomics, ELSEVIER) was used. The results indicated that miR159 and miR171 responded to stress and they targeted MYB33 and SCL6, respectively. MYB33 and SCL6 are involved in plant growth and development. Attenuated growth is a characteristic feature of plants subjected to stress, to slow down the metabolism and divert the resources for adaptation. miR159 and miR171 are involved in regulating plant growth and development, due to the nature of most of their target genes and their expression significantly changed in response to drought stress.
    Keywords: Almond, CDNA, Drought stress, MicroRNA, Peach, Target gene
  • Farokhnia M., Abdollahi Mandoulakani B.*, Dolati Baneh H., Bernousi I Pages 417-428
    In the current investigation, inter retrotransposon amplified polymorphism (IRAP) and retrotransposon microsatellite amplified polymorphism (REMAP) markers were used to study the insertional polymorphism of retrotransposon families Tvv1, Edel, Vine1, Gentil and Huben and genetic diversity in 67 grape (Vitis vinifera L.) cultivars and wild genotypes. Totally, 103 loci generated using 2 IRAP and 13 REMAP primers which 83 (80.58%) was polymorphic. The mean of Nei’s diversity index for primers ranged from 0 (Gentil-A7) to 0.38 (Tvv1-808), averaging 0.27 for the studied grape collection. The Dice similarity coefficients varied from 0.57 (H6 and Dastarchin) to 1 (Rasha-SeyahMamoli) with a mean value of 0.78. The maximum values of Nei’s diversity index (0.32), number of effective alleles (Ne=1.54) and Shannon’s information index (I=0.47) was for retrotransposon Tvv1, showing its high activity and insertional polymorphism in the studied grape collection. Cluster analysis using Dice similarity coefficients and UPGMA algorithm grouped cultivars in 6 main clusters and differentiated cultivated and wild grapes. The UPGMA classification of the studied cultivars was confirmed using model-based methods, implemented in software Structure 2.3.1. It was concluded that used retrotransposon families especially Tvv1 are transpositionally active and could make insertional polymorphism in grape genome; hence molecular markers developed based on this retrotransposon could be used in grapevine genotypes and cultivar identifications.
    Keywords: Genetic diversity, IRAP, REMAP, Retrotransposon, Vitis vinifera L
  • Baghdadi S., Nasrollanejad S., Mostafavi Neishaburi Fs*, Baghdadi Pages 429-436
    Potato virus Y one of the most common and destructive viruses found in potatoes (Solanum tuberosum L.), and has a worldwide distribution. Generally, PVY have three strains including PVYN، PVYC، PVYO and two recombinant strains PVYNTN and PVYWilga. In order to determine the strains of the virus in the Golestan province samples were collected from potato fields. Samples were verified using an antiserum against PVY by indirect ELISA and posetive samples used in purvey of cDNA and RT-PCR test. Final PCR product was sequenced and comparison was made between these isolates and a number of other PVY strains available in GenBank. Three strains PVYN, PVYO and PVYWilga was reported first time in this province. In phylogenetic analysis showed that investigated strains were grouped into 4 groups. In this tree, Iranian isolate had most similarity with strains of Poland, Germany, Canada and Brazil. PVYN with 64. 03 percent distribution as the dominant strain has spread in potato fields in Golestan province.
    Keywords: Coat protein, Large nuclear inclusion protein, Phylogenetic analyses, Potato virus Y, Strain
  • Bina H., Yousefzadeh H.*, Esmaelpoor M., Esmailzadeh O Pages 437-446
    Birch is one of the oldest remaining tree species in the Hyrcanian forest which categorized in plants with limited distribution, rare and critically endangered. Hybridization and polyploidy are two main reasons for uncertainty in taxonomy of the genus Betula in the world. The taxonomic status and genetic affinity of Iranian population of Betula with other species from this genus were investigated. Leaf samples were collected from four Birch populations form North and North west of Iran and after DNA extraction, trnH-psbA region amplified. Comparative sequence analysis of PCR product from five populations in iran with 17 sequences of other species of the genus Betula recorded in NCBI were done. Phylogenetic analysis indicated that birches were in three clades A, B and C which all Iranian samples located in clade A. Sharestanak population formed the subclade Aa, whereas the Siahmarzkouh, Sangedeh, Nohshar and Marmisho comprised subclade Ab. Based on ABGD method, the birches of Iran comprised three separated groups. Sharestanak sample showed the greatest similarity with Betula pendula based on K2P methods. Finally, this study support the belong of Iranian populations to subgenus Betula.
    Keywords: DNA barcoding, Haplotype diversity, Phylogeny, Polyploidy, trnH, psbA
  • Rashidaei F.*, Rahimian H., Ranjbar Gh Pages 447-450
    Ice nucleation active bacteria in high populations are the cause of frost injury to the plants at higher subzero temperatures. Ice nucleation genetic base of bacteria is single chromosomal gene ina. To inducing mutations in ina gene, Pseudomonas viridiflava like bacteria were incubated with the mutagenic material (EMS) in 20 and 25 µl/ml concentrations.To track ina gene in isolates of P. viridiflava like polymerase chain reaction was used by ina gene special primer that was designed of conserved regions of gene in several species of ice nucleation bacteria. Ice nucleation activity was assessed using a drop of freezing. To investigate the loss of ice nucleation activity in suspensions containing 107 cells per ml (0.5 absorbance units at 600 nm) of each mutant was sprayed on orange seedlings and seedlings treated with sterile distilled water were used as negative controls. Seedlings were kept for 7 to 10 hours at 10 °C and then were returned to the greenhouse. Four mutant colonies were not able to create any frost damage on experimental seedlings.
    Keywords: EMS, Ice nucleation, Mutant, Pseudomonas viridiflava
  • Nasrollah Pourmoghadam M., Poorbagher H.*, Eagderi S Pages 451-454
    Cypermethrin is one of the most effective pesticides that gets into aquatic ecosystems. At the present study, effects of frequency of feeding on toxicity of cypermethrin were investigated in Zebrafish (Aphanius sophiae). The specimens were exposed to different treatments for 14 days, i.e. (1) the absence of poison and feeding every three days in the morning, (2) the absence of poison and feeding every day (morning and evening), (3) the presence of poison and feeding every three days in the morning and (4) the presence of poison and feeding every day in the morning and evening. Then the liver was sampled and its DNA was extracted. The DNA was run on a electrophoresis gel and the percentage of breakage was calculated using fuzzy logic contol method. The results showed a highly significant effect of feeding frequency and poison on DNA breakage.
    Keywords: Aphanius sophiae, Cypermethrin, DNA breakage, Fuzzy logic