فهرست مطالب

بیوتکنولوژی کشاورزی - سال نهم شماره 1 (پیاپی 25، بهار 1396)

مجله بیوتکنولوژی کشاورزی
سال نهم شماره 1 (پیاپی 25، بهار 1396)

  • تاریخ انتشار: 1396/02/30
  • تعداد عناوین: 7
|
  • مهدی حسن شاهیان*، هادی روان صفحه 1
    Pseudomonas putida یک باکتری هتروتروف بوده که قابلیت رشد روی طیف وسیعی از سوبستراها که عمده آن ها آلکان ها هستند، دارا می باشد. توانایی تجزیه طیف وسیعی از هیدروکربن ها، نشان دهنده برتری این ارگانیسم نسبت به اعضای دیگر جامعه میکروبی تجزیه کننده نفت می باشد. باکتری P. putida دارای سیستم آلکان هیدروکسیلاز (ژن alk-B) برای تجزیه آلکان ها می باشد. هدف از اجرای تحقیق حاضر جداسازی و بیان ژن آلکان هیدروکسیلاز باکتریP. putida می باشد. برای این منظور ابتدا همسانه سازی در پلاسمید pBluescript انجام شد و سپس ناحیه کدکننده ژن مذکور در پلاسمید pET-26a وارد شد. بیان ژن خارجی در سویه BL-21 از باکتری E. coli صورت پذیرفت. فعالیت آنزیم نوترکیب حاصله با تفاوت جذب اسپکتروسکپی در اثر اکسید کردن NADPH تعیین شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان داد که ژن آلکان هیدروکسیلاز در پلاسمید pBluescript بهخوبی جایگزین گردید، کلنی PCR نیز این امر را تایید کرد. ژن مربوطه بهخوبی در وکتور pET-26a کلون شد. با افزایش زمان پس از القاء با IPTG ، بیان پروتئین آلکان هیدروکسیلاز افزایش یافت. پروتئین نوترکیب حاصله دارای فعالیت آنزیمی مناسب می باشد. انتقال این ژن به باکتری سریع الرشد و سوبسترای غذایی وسیع می تواند نوید بخش تولید بیوکاتالیزوری با کارایی برتر باشد.
    کلیدواژگان: آلکان ها، بیوکاتالیز، بیان پروتئین، تجزیه زیستی، کلونینگ
  • سرگل دارابی، سونیا رمضانی، محمد احمدآبادی* صفحه 15
    گیاهان تراریخت، بیورآکتورهای مناسبی برای تولید پروتئین های نوترکیب در سطوح بالا و با کیفیت بهتر می باشند. همسانه سازی ژن کدکننده پروتئین هدف در ناقل بیانی مناسب یکی از مراحل مهم در انتقال و بیان موفق پروتئین در گیاه مورد نظر می باشد. هدف از این تحقیق، همسانه سازی cDNAی فاکتور رشد شبه انسولین-1 (IGF1) در ناقلهای بیانی مناسب گیاهی بود. برای این منظور، ابتدا با استفاده از یک جفت آغازگر اختصاصی، cDNAی ژن IGF1 تکثیر و با استفاده از سایت های برشی تعبیه شده در ساختار آغازگر در ناقل پایه pMCS5 وارد گردید. با توجه به مزایای غلات بدلیل کشت وسیع، بیوماس بالا، قابلیت ذخیره دانه و قابلیت استفاده خوراکی برای تولید پروتئین های دارویی، پس از توالی یابی، cDNA در یک ناقل مناسب برای انتقال و بیان پروتئین در غلات همسانه سازی گردید. همچنین با توجه به اینکه کلروپلاست های تراریخت پتانسیل بیشتری برای تولید پروتئین نوترکیب عملکردی در سطوح بالا دارند، cDNAی توالی یابی شده در دو ناقل اختصاصی برای انتقال و بیان IGF1 در کلروپلاست توتون نیز همسانه سازی گردید. در یکی از این ناقلها، ژن گزینشگر بوسیله دو توالی مستقیم LoxP احاطه شده تا امکان حذف ژن انتخابگر از طریق سیستم Cre/Lox پس از گزینش گیاهان تراریخت فراهم گردد.
    کلیدواژگان: فاکتور رشد شبه انسولین، 1، همسانه سازی، انتقال ژن، پروتئین نوترکیب، ناقل بیانی
  • سیدمنصور سیدنژاد*، حسین معتمدی، آسیه سلیمانی صفحه 31
    اندوفیت های آپوپلاست یا سیم پلاست گیاهان موجب تحریک رشد گیاه، افزایش مقاومت به آفات و تنش ها و بهبود شرایط رشدی گیاه می شوند. هدف از مطالعه حاضر شناسایی اندوفیت های موجود در شش رقم برنج استان خوزستان و بررسی تاثیر آن ها در خصوصیات رشد گیاه میزبان می باشد. برای این منظور سوسپانسیونی از بذرهای استریل شده تهیه و با تلقیح به محیط LB اندوفیت های موجود در آن ها جداسازی و تعیین هویت شدند. توانایی این جدایه ها در تثبیت ازت، تولید اکسین و حل کردن فسفات سنجیده شد. اثر تیمار بذرهای رقم چمپا با اندوفیت های جداسازی شده از آن بر شاخص های مورفولوژیک و فیزیولوژیک ارزیابی شد. در نتیجه این تحقیق هفت اندوفیت از جنس های باسیلوس، استافیلوکوکوس و اروینیا از شش رقم برنج جداسازی شد. باکتری اروینیا قادر به تثبیت نیتروژن و انحلال فسفات و بیشترین تولید اکسین بود. تیمار گیاه با اروینیا به طور معنی داری موجب افزایش وزن تر و خشک اندام هوایی و ریشه، طول اندام هوایی و افزایش تراکم تارهای کشنده گردید. همچنین میزان اکسین اختلاف معنی داری را با گروه شاهد نشان داد. تفاوت معنی داری بین تیمارهای مختلف در میزان کلروفیل a و همچنین کلروفیل b مشاهده نشد و تیمار فاقد اندوفیت میزان کلروفیل a و کلروفیل b بیشتری نسبت به تیمارهای دارای اندوفیت تولید کرده بودند. در حالی که تیمار فاقد اندوفیت بیشترین میزان کاروتنوئید را نسبت به سایر تیمارها تولید کرد. در نهایت می توان بر اساس نتایج این تحقیق پیشنهاد داد که باکتری اروینیا به عنوان یک اندوفیت تاثیر قابل توجهی در افزایش عملکرد گیاه برنج رقم چمپا دارد و باعث بهبود خصوصیات اساسی این گیاه می شود.
    کلیدواژگان: اندوفیت، اکسین، برنج چمپا، پروتئین، رنگدانه، کربوهیدرات
  • مهدی کاکایی، حجت الله مظاهری لقب*، علی مصطفایی صفحه 49
    استفاده از ارقام مقاوم از جمله مطمئن ترین و سودمندترین روش های مبارزه با آفات و از جمله سرخرطومی برگ یونجه (Hypera postica Gyll.) می باشد. پس از بررسی های مزرعه ای و گلخانه-ای، در نهایت، ژنوتیپ تفرش42 برای انجام مطالعات مولکولی و با هدف بررسی تفاوت الگوی بیان پروتئین ها طی دو مرحله تنش و عدم تنش نسبت به سرخرطومی برگ یونجه، انتخاب گردید و مورد ارزیابی قرار گرفت. تغییرات در بیان پروتئین ها با استفاده از ژل های الکتروفورز دوبعدی مطالعه شدند. تجزیه خوشه ای، تجزیه به مولفه اصلی و تجزیه تابع تشخیص مورد بررسی های آماری قرار گرفتند. نتایج نشان داد که از مجموع 218 نقطه پروتئینی تکرارپذیر، 11 نقطه پروتئینی، تغییر بیان داشتند. بیشترین پروتئین های بیان شده با الگوی بیان افزایشی در ژنوتیپ تفرش 42، مربوط به گروه خاصی از پروتئین ها بودند که در پاسخ به تنش ایجاد شده توسط آفت، به میزان 46/45% تغییرات داشتند. از نقطه نظر بیان پروتئینی، تجزیه خوشه ایسبب تقسیم پروتئین ها به سه خوشه اصلی شد که بیانگر وجود پروتئین هایی با بیان مشابه در هر خوشه است. لذا، حضور همه آنها در مسیر بیولوژیکی مشترکی ثابت شد. تجزیه تابع تشخیص، نتایج حاصل از خوشه بندی را 100% تایید کرد که نشان از انطباق داده های پروتئینی با شرایط آزمایش بود. نتیجه کلی این که با استفاده از نرم افزار و تجزیه های آماری، به سادگی می توان تغییرات بیان معنی دار ناشی از خسارت آفت سرخرطومی برگ در یونجه را در سطح پروتئوم مورد ارزیابی قرار داد و شاخص تغییرات را مشخص و متعاقب آن از مهندسی ژنتیک برای افزایش سطح مقاومت گیاه مورد مطالعه بهره برداری نمود.
    کلیدواژگان: آفت سرخرطومی برگ یونجه، تجزیه کلاستر، الکتروفورز دو بعدی، بیان پروتئین
  • رضا محمدزاده، محمدرضا زمانی، مصطفی مطلبی صفحه 67
    ایجاد مقاومت در برابر بیماری ها با استفاده از ژن های مقاوم به عامل بیماریزا در گیاهان یکی از راهکارهای بهبود محصولات زراعی در کشاورزی می باشد. پلی گالاکتوروناز ها با اشکال ایزو آنزیمی مختلف جزءاولین آنزیم هایی هستند که قارچ های فیتوپاتوژنیک جهت کلونیزاسیون در دیواره سلول گیاهی ترشح می کنند. برخی گیاهان نیز دارای پروتئین های PGIP (Polygalacturonase Inhibitor Proteins) متنوعی هستند که عملکرد مهارکنندگی اختصاصی علیه آنزیم های پلی گالاکتوروناز قارچی دارند. در این تحقیق سازه کایمریک حاوی ژنهای pgip1 و pgip2 و سازه حاوی ژن pgip2 جهت بیان موقت و بررسی فعالیت مهارکنندگی پروتئین کایمر در مقایسه با PGIP2 به برگ های گیاه توتون ترانسفورم گردید. حضور و بیان ژن بترتیب با استفاده از روش PCR و وسترن بلات تائید شد و در سنجش فعالیت آنزیمی به روش Caplet Assay پروتئین کایمری نسبت به پروتئین PGIP2 منفرد افزایش فعالیت نشان داد. در نتیجه پروتئین کایمریک طراحی شده از نظر بیولوژیکی فعال بوده و نسبت به PVPGIP2 منفرد قدرت مهارکنندگی بالاتری را نشان می دهد. پیش بینی می گردد با انتقال پروتئین کایمر به گیاهان زراعی گیاهان تراریخت مقاوم تری بدست آید.
    کلیدواژگان: پروتئین های مهار کننده پلی گالاکتوروناز، سازه کایمریک، آنزیم پلی گالاکتوروناز
  • محمدحسین ملایی، مسعود اسدی فوزی*، محمدرضا محمدآبادی، مهدیه منتظری صفحه 81
    فاکتور رشد شبه انسولین یک (IGF-I) ساختار مشابهی با هورمون انسولین دارد. این هورمون که به وسیله ژن IGF-I کد می شود نقش مهمی در رشد و نمو بافت های مختلف بدن دارد. این تحقیق به منظور بررسی چند شکلی این ژن و ارتباط آن با ارزش اصلاحی صفات تیپ تولد، وزن تولد و وزن الیاف در بز کرکی راینی انجام شد. بدین منظور از رکوردهای 13020 حیوان مربوط به 336 پدر و 3617 مادر استفاده گردید. جهت آنالیز ژنتیکی صفات مورد بررسی از مدل حیوانی یک متغیره و نرم افزار ASReml استفاده شد. جهت بررسی اثر چند شکلی ژن IGF-I بر روی ارزش اصلاحی برآورد شده برای صفات مورد بررسی تعداد 94 راس از گله ایستگاه پرورش و اصلاح نژاد بز کرکی راینی انتخاب و خون-گیری بعمل آمد. واکنش زنجیره ای پلیمراز جهت تکثیر قطعه 363 جفت بازی اگزون 4 ژن IGF1 انجام گرفت. سپس ژنوتیپ حیوانات با استفاده از روش PCR-RFLP تعیین شد. در این تحقیق سه ژنوتیپ AA، AB و BB با فراوانی های ژنوتیپی 22/0، 65/0 و 13/0 مشاهده گردید، اما بین این ژنوتیپ ها و صفات تولیدی و تولید مثلی مورد بررسی رابطه معنی داری مشاهده نشد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد که در جمعیت مورد بررسی از نظر جایگاه ژنI IGF- تنوع قابل ملاحظه ای وجود دارد اما با توجه به تعداد کم نمونه های مورد استفاده در این تحقیق، پیشنهاد می گردد جهت بررسی ارتباط بین این تنوع ژنتیکی و صفات مورد بررسی از نمونه های بیشتری استفاده گردد
    کلیدواژگان: ژن IGF، I، ارزش اصلاحی، PCR، RFLP، بز کرکی راینی
  • محمود نظری *، سمیه سالاری، محمدرضا قربانی صفحه 95
    به منظور بررسی تاثیر عنصر روی و سطوح مختلف بتائین جایگزین شده با متیونین بر بیان ژن بتایین هموسیستئین متیل ترانسفراز و ژنهای لیپوژنیک کبدی (آنزیم مالیک و اسید چرب سنتاز) در مرغان تخمگذار لگهورن سویه تجاری های– لاین (W-36) با استفاده از تکنیک ریل تایم qPCR، آزمایشی با استفاده از 288 قطعه مرغ تخمگذار در قالب طرح کاملا تصادفی به صورت فاکتوریل (2×2×3) با 12 تیمار آزمایشی، 3 تکرار و 8 قطعه مرغ در هر تکرار از سن 50 الی 62 هفتگی اجرا شد. تیمارهای آزمایشی شامل سه سطح مختلف جایگزینی بتائین با متیونین (صفر و 13 و 26 درصد) و دو سطح مختلف مکمل روی (50 و 100 میلی گرم در کیلوگرم سولفات روی) در دو شرایط دمایی متفاوت (استرس گرمایی و دمای معمولی) با سه تکرار در هر تیمار بودند. نتایج نشان داد که افزودن روی تاثیری بر بیان ژنهای بتایین هموسیستئین متیل ترانسفراز و ژنهای لیپوژنیک کبدی نداشت. جایگزین نمودن بتایین با متیونین سبب افزایش بیان بتائین هموسیستئین متیل ترانسفراز به میزان 11/2 واحد و کاهش معنی دار بیان ژن آنزیم مالیک و اسید چرب سنتاز به میزان 47/2 و 98/1 واحد در بافت کبد شد. همچنین، تحت تنش گرمایی بیان ژن بتائین هموسیستئین متیل ترانسفراز، آنزیم مالیک و اسید چرب سنتاز به ترتیب به میزان 58/1، 96/1 و 15/2 واحد کاهش پیدا کرد (01/0P<). بنابراین بتائین می تواند با افزایش بیان ژنهای بتائین هموسیستئین متیل ترانسفراز و کاهش بیان آنزیم مالیک و اسید چرب سنتاز، سبب کاهش تنش حرارتی مرغ تخمگذار تحت تنش حرارتی گردد
    کلیدواژگان: تنش حرارتی، عنصر روی، بتایین هموسیستئین متیل ترانسفراز، متیونین، ژنهای لیپوژنیک
|
  • Hadi Ravan, Mehdi Hasanshahian* Page 1
    Pseudomonas putida is a bacterium that has ability to growth on limited substrates that mainly is alkanes. The ability to use wide range of hydrocarbons is advantage of this bacterium to other bacteria community. P. putida have alkane hydroxylase system (alk-B) for alkane biodegradation. In this study alk-B gene from P. putida was amplified. Blunt cloning first done in pBluescript plasmid then sticky end cloning was carried out in pET-26 vector. For expression of this recombinant gene E. coli BL-21 bacterium were used. The activity of recombinant enzyme was done by reduction of absorbance by oxidation of NADPH. The results of this study show that alk-B gene was inserted in pBluescript plasmid. Colony PCR confirmed this insertion. This gene successfully cloned in pET-26a vector. By increasing the time after induction by IPTG expression of alk-B protein were increased. Recombinant protein has activity. Transfer of this gene to fast growth bacterium and wide substrate confirm production of robust biocatalysts in the future.
    Keywords: Alkanes, Biocatalyst, Biodegradation, Cloning, Protein Expression
  • Darabi S., Ramezani S., Ahmadabadi M.* Page 15
    Transgenic plants are suitable bioreactors for the production of recombinant proteins at high levels and qualities. Cloning of a gene encoding the target protein in proper expression vectors is one of the most important steps for successful integration and expression of target protein in plants. The purpose of this study was to clone insulin-like growth factor -1 (IGF1) cDNA in plant expression vectors. To this end, we amplified amplify IGF1 cDNA using a pair of specific primer followed by its cloning in pMCS5 basic vector. After sequencing, because of several advantages of cereals for production of biopharmaceuticals, such as high cultivation area and biomass, possibility of grain storage and usage as food and feed, we constructed suitable vectors for IGF1 integration and expression in cereals. In addition, as transgenic chloroplasts contain higher potential to produce elevated levels of functional recombinant proteins, the IGF1 cDNA was recloned in two chloroplast-specific vectors. In one of these vectors, selectable marker gene is flanked by two direct repeats of LoxP sequences, providing the marker gene excision after production of transgenic plants via Cre/Lox system.
    Keywords: Insulin-like Growth Factor -1, Cloning, Gene transfer, Recombinant proteins, Expression vectors
  • Seyyednegad M. *, Motamedi H., Soleimani A Page 31
    Endophytes are symbiont microorganisms within apoplast or symplast of plants that promote growth, control phytopathogens, increase plant resistance to stress and improve plant growth conditions. The aim of this study was identification of endophytes from six rice cultivars in Khouzestan province and assessment of their effects on growth of the host plant. For this purpose, a suspension was prepared from sterilized seeds, and their endophytes were isolated in LB broth. The ability of isolates in nitrogen fixation, auxin production and phosphate solubilizing was discovered. The seeds of Champa cultivar were then infected by endophytes and growth and physiologic outcomes of this treatment were studied. As a result of this study six endophytes belong to Bacillus, Staphylococcus and Erwinia genus were isolated from them only the Erwinia sp. was able to fix N2, dissolve phosphate and produced auxin more than others. Treatment with Erwinia sp. significantly increased the fresh and dry weight of aerial parts and root and aerial part length and density of hair roots. The auxin and carbohydrate content of treated rice with Erwinia sp. had significant difference than control. No significant difference was observed for chlorophyll a and b chlorophylls in different treatments and untreated plants produced more a and b chlorophylls. While there was significant difference for carotenoid between endophyte treated samples and untreated ones. Finally based on the obtained results it can be suggested that Erwinia sp. as an endophyte has significant effect on increasing of Champa cultivar performance and improvement main characteristics of this cultivar.
    Keywords: Endophyte, auxin, Champa cultivar, protein, pigment, carbohydrate
  • Kakaei M., Mazahery-Laghab H. *, Mostafaei A Page 49
    The use of resistant cultivars is one of the safest and most profitable methods of controlling post including alfalfa weevil. After farm and greenhouse evaluating, Tafresh 42 genotype for molecular studies selected and evaluated to examine the pattern of protein expression in stress and non-stress conditions to alfalfa weevil. The Changes in protein expression were investigated using two-dimensional electrophoresis gels. Clustering analysis, principal component analysis and discriminant analysis were used in statistic studies. The results showed that 11 protein spots had expression changes among 218 protein spots. The most expression pattern of proteins with a similar increase in Tafresh 42, was related to a specific group of proteins which had 45.46% variations in the expression response to the stress. From the point of protein expression, cluster analysis caused a dividing of proteins into three main clusters indicating the presence of proteins with a similar performance in each cluster. Therefore, the presence of these proteins in a common biologic pathway is confirmed. The analysis of discriminant function confirmed 100% the results from clustering that indicated protein conformity with the conditions of the experiment. It is concluded that by using statistical analysis and software, it is possible to evaluate significant expression changes induced damage alfalfa weevil in proteome level and determine the index changes, and after that genetic engineering is utilized for enhancing the level of resistance in the plant under studying.
    Keywords: Alfalfa Weevil, cluster analysis, Two-dimensional electrophoresis, Protein expression
  • Mohammadzadeh R. *, Zamani M.R., Motallebi M Page 67
    Considerable progress has been made toward identifying and cloning genes involved in plant defense responses - one of the strategies to improve agricultural crops. The polygalacturonases (PGs) are among the first enzymes with different isomers produced during infections and colonization of phytopathogenic fungus in plant cell walls. Conversely, some of plant species have evolved polygalacturonase inhibitor proteins (PGIP) that specifically recognize and inhibit fungal PGs. This was exploited in order to construct a chimeric gene that contains pgip1 and pgip2 genes from Phaseolus vulgaris. For expression the fusion gene and pgip2 were transformed into tobacco by agroinfiltration method and the caplet plate assay activity of fusion protein has shown that the chimeric protein had high inhibitory activity against fungal PG enzyme. It can be used for the production of transgenic plants and planning a mutational strategy aimed to improve the recognition of fusion protein properties for inhibition of different PGs at the same time
    Keywords: Polygalacturonases (PGs), Polygalacturonase Inhibitor Proteins (PGIP), Chimeric Proteion
  • Molaei M.H., Asadi Fozi M. *, Mohammadabadi M.R., Montazeri M Page 81
    The Insulin-like growth factor I (IGF-I) has a similar structure with Insulin hormone. This hormone which is transcribed by (IGF-I) gene has an important functional in growth and development of different body tissues. The aim of this study was to investigate the polymorphism of this gene and its relationship with the estimated breeding values of the birth type, birth weight and fleece weight in Raieni Cashmere goats. Breeding values were estimated using records on 13020 Raieni cashmere goats originated from 336 sire and 3617 dams. Univariate animal model was applied for the genetic analysis of the investigated traits using ASReml. To study IGF-1 gene polymorphism, 94 Raieni cashmere goats were selected based on their estimated breeding values for these traits. PCR was used for amplification of 363 bp fragment of exon 4 of IGF-I gene. Thereafter the animal’s genotype was determined using PCR-RFLP. Three genotypes including AA, AB and BB were observed. The frequency of these genotypes was 0.22, 0.65 and 0.13, respectively. No significant associations were found between these genotypes and the investigated production and reproduction traits. The results of this study show that, there is important genetic diversity for the IGF-I in the investigated population but to study the association between the polymorphism of this gene and the studied traits, more data should be used as currently few animals were genotyped
    Keywords: Raeini Cashmere goat, IGF-I gene, Breeding value, PCR-RFLP
  • Nazari M. *, Sallari S., Ghorbani M.R Page 95
    To investigate the effects of dietary zinc and betaine (Bet) substitution to methionine (Met) on hepatic betaine - homocysteine methyltransferase (BHMT) and lipogenic (malic enzyme and fatty acid synthase) genes expression in laying hens under heat stress by using real-time qPCR, an experiment was performed with 288 Hy-line W-36 leghorn (at 50 to 62 weeks of age) in complete randomized design (CRD) with a 3×2×2 factorial arrangement of treatments including twelve treatments, 3 replicates and 8 hens in each replicate. There were 6 dietary treatments: three doses of Bet (0, 13 and 26%) substitute to Met combined with three levels of zinc (90 and 100 mg/kg) supplemented to the basal diets that were combined with two environmental conditions (thermoneutral and heat stress conditions). Results showed that dietary supplemental zinc had no effect on BHMT, malic enzyme and fatty acid synthase (FAS) genes expression. The results confirmed that Bet substitution to methionine due to a 2.11-fold increase (P
    Keywords: Heat stress, Zn, BHMT, Metionine, lipogenic genes