فهرست مطالب

نشریه زیست شناسی کاربردی
سال بیست و ششم شماره 1 (بهار و تابستان1392)

  • تاریخ انتشار: 1392/06/25
  • تعداد عناوین: 7
|
  • زهرا بلند قامت پور، احیا عبدی عالی، سیاوش سیاوش صفحات 1-8
    از آنجایی که تعیین سریع الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی باکتری های جدا شده از بیماری های عفونی برای انتخاب آنتی بیوتیک صحیح در اسرع وقت و افزایش میزان موفقیت درمان و همچنین کاهش مصرف داروهای غیر ضروری و عوارض جانبی ناشی از آنها و در مجموع کاهش میزان هزینه های درمانی اهمیت دارد، در این پژوهش محیطی برای تعیین سریع الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی بر پایه رشد سریع میکرو ارگانیسمها و ایجاد تغییرات رنگی طراحی و ارزیابی شد. در مطالعه حاضر نمونه های کلینیکی شامل باکتری های غیر تخمیری و خانواده انتروباکتریاسه بودند که مطابق با استانداردCLSI بر روی این محیط ها بررسی شدند. در خانواده Enterobacteriaceae39/92% همخوانی کلی[1] مشاهده شد، همخوانی کلی در خانواده باکتری های غیر تخمیری[2]46/90%، ناهمخوانی عمده[3] در این خانواده 28/3% و درخانواده Enterobacteriaceae برابر با 52/3% است. با بکارگیری محیط های کلریمتریک نتایج بعد از گذشت زمان 8-6 ساعت در دسترس خواهد بود، در نتیجه این محیط ها می توانند به عنوان روشی جدید و سریع در تعیین الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی باکتری ها مطرح شوند.
    کلیدواژگان: انتشار دیسک، کلریمتریک، سنجش حساسیت
  • قاسم علی پاراد، مسعود طبری، سید احسان ساداتی صفحات 9-20
    هدف این پژوهش بررسی زنده مانی، مشخصه های رویشی و تخصیص بیوماس در نهال های رشد یافته ون (Fraxinus excelsior L.) در رژیم های مختلف آبی است. بدین منظور نهال های ون در طرحی کاملا تصادفی و در دو رژیم آبی (غرقابی دائم و غرقابی دوره ای با تناوب 15 روز) و سطح شاهد (کنترل)، برای مدت 120 روز در فضای باز یک جنگل جلگه ای مورد ارزیابی قرار گرفتند. در پایان دوره غرقابی باعث کاهش در زنده مانی، مشخصه های رویشی، بیوماس اندام ها و شادابی نهال های ون شد. این کاهش در سطح غرقابی دائم بیشتر از غرقابی تناوبی بوده است. بر عکس، پاسخ رویش قطری به غرقابی تناوبی بیشتر از غرقابی دائم و شاهد بوده است که دلیل آن را می توان به توسعه ابعاد سلول آوندهای چوبی آن نسبت داد. زنده مانی و موفقیت در نهال های غرقاب تناوبی نسبت به غرقابی دائم بیشتر بوده است که احتمالا به دلیل تولید بیشتر ریشه های نابجا و زهکشی خاک آن می باشد. همچنین در این شرایط به دلیل دسترسی به اکسیژن مورد نیاز، متابولیسم راحت تر بوده و سطح اندام فتوسنتز کننده (سطح برگ) و بیوماس برگ افزایش یافته است. به طور کلی، می توان اظهار داشت که نهال ون نسبتا مقاوم به غرقابی است و می توان از آن در جنگلکاری های مناطق جلگه ای، حاشیه ی آبراهه ها، تالاب ها و مناطقی که در معرض سیلاب های ادواری قرار دارند استفاده کرد.
    کلیدواژگان: بیوماس، رویش ارتفاعی، رویش قطری یقه، ریشه های نابجا، سطح برگ، شادابی
  • محمد جمال پور، غلامحسین محمدی، مژگان خدادادی، محمد ولایت زاده صفحات 21-32

    در این تحقیق نمونه برداری ماهی بیاه (Liza macrolepis) از خور موسی در استان خوزستان به وسیله تور گوشگیر با اندازه چشمه 20 میلیمتر به صورت تصادفی در یک دوره یک ساله از آبان 1388 تا مهر 1389 انجام شد. 449 عدد ماهی بیاه که 300 عدد این گونه ماهی نر و 149 ماهی ماده بود صید گردید. بیشترین گروه سنی در جمعیت مورد بررسی در ماهیان یک ساله (1+) با 19/37 درصد مشاهد شد. ماهیان دو ساله (2+) با 51/30 درصد، ماهیان زیر یک سال (0+) با 16/23 درصد، ماهیان سه ساله (3+) با 9/6 درصد و ماهیان چهار ساله (4+) با 22/2 درصد از ترکیب سنی را به خود اختصاص دادند. ماهیان دوساله (2+)، یکساله (1+) و زیر یک سال (0+) در تمام ماه های نمونه برداری در ترکیب سنی مشاهده شدند. ماهیان سه ساله (3+) در تمام ماه های نمونه برداری جز ماه اردیبهشت حضور داشتند. در بین ماهیان نمونه برداری شده بیشترین سن ماهیان با سن 4+ سال بود. ضریب تغییرات ماهیان 1+، 2+، 3+ و 4+ به ترتیب 10، 5، 3/3 و 5/2 مشاهده شد. با توجه اینکه ضریب تغییرات ماهیان تعیین سن شده کمتر از 20 می باشد تعیین سن در ماهیان بیاه به صورت مطلوب انجام شده است.

    کلیدواژگان: تعیین سن، فلس، ماهی بیاه، خور موسی
  • راضیه دلیر فردویی، محبوبه ضرابی، روحا کسری کرمانشاهی، ضرغام سپهری زاده، محمدرضا معصومیان صفحات 33-42
    هدف این مطالعه استخراج و خالص سازی نسبی سیکلوتیدهای عصاره ی گیاه بنفشه ی بومی ایران و بررسی اثرهای ضدمیکروبی آن بر باکتری گرم مثبت S. aureus PTTC 1431 است. در این پژوهش استخراج و خالص سازی نسبی سیکلوتیدها با روش جزء گیری و استفاده از ستون SPE-C18 صورت گرفت. تعیین خلوص و وزن مولکولی سیکلوتیدهای به دست آمده، به ترتیب، با روش RP-HPLC و Tricine SDS PAGE انجام شد. سنجش اثرهای ضدمیکروبی محلول به دست آمده نیز با روش انتشار شعاعی (RDA) تعیین شد.
    نتایج این مطالعه نشان داد که اثرهای ضدمیکروبی سیکلوتیدهای به دست آمده در باکتری گرم مثبتS. aureus PTTC 1431 مشابه اثر آنتی بیوتیک ونکومایسین و آمیکاسین است. به نظر می رسد با مطالعات گسترده تر، در آینده، بتوان از سیکلوتیدها برای درمان عفونت های استافیلوکوکی استفاده کرد.
    کلیدواژگان: استخراج، خالص سازی، سیکلوتیدها، بنفشه ی معطر، استافیلوکوکوس اورئوس
  • شیوا کلانتری، محمد تقی زاده، معصومه دهقانی، آرمین مددکار سبحانی، مصطفی رضایی طاویرانی صفحات 43-55
    Rab23 یکی از پروتئینهای خانواده Rab می باشد که مسوول تنظیم ادغام و اتصال غشاء ویزیکولها با اندامکهای سلولهای یوکاریوتی می باشد. این پروتئین یک تنظیم کننده منفی خودکار سلولی برای علامت دهی(Signaling) hedgehog در مهره داران است. مسیر علامت دهی hedgehog در رشد اکثر ارگانها و بافتهای مهره داران نقش محوری داشته و ارتباط آن با نقایص مادرزادی و بسیاری از انواع تومورها مشخص شده است. بنابراین دخالت Rab23 در این مسیر و ناهنجاری های بیانی آن در بسیاری از انواع بیماری ها دیده می شود. از جمله بیماری هایی که ناشی از جهش در ژن این پروتئین و یا به طور کلی بیان غیر نرمال آن می باشند عبارتند از: سندرمهای Carpenter و Gorlin، کارسینومای تیروئید، هپاتوسل کارسینوما، تومورزایی و انواع مختلف سرطان.
    در این مطالعه مدلسازی این پروتئین با استفاده از نرم افزار Modeller9v7 پس از انتخاب الگوی مناسب با میزان شباهت بالا از داده پایگاه PDB به انجام رسید. بهترین مدل ساخته شده از طریق آنالیزهای نرم افزار Procheck برای ورود به مرحله شبیه سازی انتخاب شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی آن با استفاده از نرم افزار GROMACS به انجام رسید و سپس نواحی اتصال آن با کلسترول با استفاده از نرم افزار Autodock4.2 به دست آمد.
    پایداری نمودار RMSD و انرژی نشان می دهند که مدل ساختار سه بعدی به دست آمده کاملا پایدار بوده لذا به واقعیت نزدیک است. مطالعات Docking نشان می دهد که این پروتئین جایگاه اتصالی برای کلسترول دارد.
    نتیجه گیری
    داشتن جایگاه اتصال برای کلسترول بدان معنی است که این پروتئین علاوه بر انجام عملکرد خود با همکاری دیگر پروتئین ها مثل GLI2 و GLI3 با ورود به داخل غشا در ناحیه ای که دارای کلسترول است بخش دیگری از عملکرد خود را در اتصال غشا وزیکول انجام می دهد. با توجه به اهمیت بیولوژیک Rab23، شبیه سازی آن در محیط in silico می تواند در جهت اهداف درمانی برای طراحی دارو و یا لیگاندهای مهاری مفید باشد.
    کلیدواژگان: مولکولی بنیان (هولوژی)، شبیه سازی دینامیک مدلسازی به روش همسان، rab23
  • علیرضا نقی نژاد، وحید امر قلیپور کاسمانی، فرخ قهرمانی نژاد صفحات 57-67
    در این پژوهش زیتوده گونه های گیاهی چیره آبزی چهار تالاب اصلی و مهم مرزون آباد، بصراء، لنگور و رمنت در شهرستان بابل، استان مازندران ارزیابی گردید. 12 گونه گیاهی متعلق به 11 جنس و 9 خانواده گیاهی در این پژوهش بررسی شده اند. برای این کار تعداد 131 قطعه نمونه (Plot) در قالب 7 ترابرش (Transect) از تالاب های مختلف نمونه برداری شده و بعد از ثبت ویژگی های تاج پوشش و وزن زیتوده آنها، با استفاده از فنون آماری ANOVA و رسته بندی (DCA) مورد آنالیز قرار گرفته اند. میانگین مجموع زیتوده همه گونه های گیاهی چیره تالاب های بابل 19/1309 گرم در متر مربع است. از مقدار میانگین مزبور، بیشترین سهم زیتوده مربوط به گونه Phragmites australis و کمترین سهم آن مربوط به گونه Najas gramineaاست. گونه های Typha latifolia و Ceratophyllum demersum با مقدار 81/3029 و 10/330 گرم در متر مربع به ترتیب دارای بیشینه و کمینه وزن خشک در داخل پلات های مورد مطالعه می باشند. در نمودارDCA مربوط به تالاب های مختلف، گونه های همچون Ceratophyllum demersum،Typha latifolia،Phragmites australis و Potamogeton pectinatus سهم زیادی در افزایش زیتوده دارند. آنالیز های ANOVA مشخص کرد که به غیر از گونه های Schoenoplectus lacustris و Potamogeton lucense گونه های چیره آبزی دیگر از نظر میزان زیتوده، اختلاف معنی داری را در بین تالاب های مختلف نشان می دهند.
    کلیدواژگان: زیتوده، گونه های چیره آبزی، DCA، آنالیز ANOVA، تالاب های بابل، استان مازندران
  • گل نوش وارسته موخر، مهدی شمسایی مهرگان، هومن رجبی اسلامی، فرشته نعمت اللهی صفحات 69-81
    تحقیق حاضر به مطالعه میزان پروتئین، رطوبت و خاکستر آزولا (Azolla filiculoides) در اشکال سبز و قرمز به ترتیب به عنوان شاخص های رشد در فصل های تابستان و زمستان پرداخت. همچنین محتوی چربی و ترکیب اسیدهای چرب آزولا به عنوان یکی از اجزای مهم برای تصمیم گیری در رابطه با ارزش غذایی در هر یک از اشکال سبز و قرمز مقایسه گردید. نمونه برداری از آزولای قرمز و سبز با جمع آوری 20 کیلوگرم آزولای تازه از منطقه پیربازار تالاب انزلی به ترتیب در آبان 1390 و مرداد 1391 انجام شد. نمونه ها پس از انتقال به آزمایشگاه توسط دستگاه فریز درایر خشک شده و میزان رطوبت، پروتئین، چربی و خاکستر هر نمونه تعیین گردید. ترکیب اسیدهای چرب نمونه ها نیز بر اساس روش فولک و با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی گازی پس از استری نمودن چربی مشخص گردید. نتایج این پژوهش نشان داد که آزولای سبز و قرمز به ترتیب دارای 71/6±85/38 و 95/8±42/52 درصد اسیدهای چرب اشباع (SFAs) می باشند، در حالی که میزان اسیدهای چرب با یک پیوند غیراشباع (MUFAs) در آزولای سبز و قرمز به ترتیب برابر 69/13±25/41 و 43/8±21/36 درصد از مجموع اسیدهای چرب هر یک از نمونه ها به دست آمد. همچنین درصد اسیدهای چرب با چند پیوند غیراشباع (PUFAs) در آزولا سبز برابر 72/6±87/19 درصد بود، در حالی که این میزان در آزولای قرمز برابر با 61/2±33/11 درصد تعیین شد. نتایج حاصل از این تحقیق نشان می دهد که ترکیب اسیدهای چرب همراه با میزان مناسب پروتئین (11/2±02/18 و 84/1±87/7 گرم بر صد گرم وزن خشک) آزولا به شکلی است که می توان از آن به عنوان جایگزین مناسبی برای تغذیه، دام، طیور، آبزیان و حتی انسان استفاده نمود، هرچند آزولای سبز در مقایسه با آزولای قرمز دارای ارزش غذایی بالاتری بود.
    کلیدواژگان: A، filiculoides، اسید چرب، تالاب انزلی
|
  • Pages 1-8
    Considering the importance of rapid determination of antibacterial susceptibility of bacteria، isolated from infectious diseases for the selection of appropriate therapy as soon as possible and increasing the success of therapy، decreasing unnecessary use of antibacterial agents and side-effects، and lowers the overall healthcare costs. We have designed and evaluated a rapid antibacterial susceptibility medium which is based on a rapid colorimetric medium that indicates growth by changing its color. In this study، we have assessed antibacterial susceptibility patterns of non-fermentative bacteria and Enterobacteriaceae isolated from clinical samples by rapid colorimetric medium according to standard CLSI method. Colorimetric medium proved to be a reliable rapid test for determining antibacterial susceptibility testing، between two methods total agreement was 92. 93% for Entrobacteriacea and 90. 46% for non-fermentative bacteria. Major discrepancy was 3. 28 % for non-fermentative bacteria and 3. 52% for Enterobacreiacea. Colorimetric medium makes results available between 68- hours. It can be considered as a novel and reliable quick method for the assessing of bacterial susceptibility to antibiotics.
    Keywords: disk diffusion, colorimetric, susceptibility
  • Pages 9-20
    The aim of this study is investigation of survival، vegetative characteristics and biomass allocation in seedlings of common ash (Fraxinus excelsior L.) grown in different water regimes. For this purpose، seedlings of ash were examined in a completely randomized design for 120 days in an open area of bottomland forest at two levels of soil moisture regimes (permanent flooding، periodic flooding with a rotation period of 15 days) and control level. At the end of the experiment، flooding decreased survival، vegetative characteristics، biomass allocation and vitality of ash seedlings. This reduction in permanent flooding was more than at the periodic flooding. In contrast، diameter growth response in periodic flooding was greater than permanent flooding and control level. The reason of this phenomenon can be attributed to the development of woody xylem cells. In periodic flooding، compared to permanent flooding، because of greater production of adventitious root and soil drainage، access of oxygen required for metabolism was easier and Photosynthetic organs of the plant (leaf area) and leaf biomass prominently increased. Overall، the results showed that F. excelsior was tolerant to flooding and can be used for restoration of bottomland forest، riparian area، lagoons and plains exposure to periodic flooding.
    Keywords: Adventitious root, Biomass, Collar diameter growth, Height growth, Leaf area, Vitality
  • Pages 21-32

    In the study sample of fish Byah (Liza macrolepis) from the Musa estuary in Khuzestan by tour Gvshgyr springs 20 mm size in a random period of one year from November 2009 to October 2010. 449 fish Byah (Liza macrolepis) that were 300 male and species of fish 149 female were caught. Largest age group in the fish population in a year were observed 19/37%. Two-year-old fish (+2) with a 30/51%، fish under a year (+0) with 23/16%، three-year fish (+3) with 6/9% and four-year-old fish (+4) with 2/22% of the combined age were accounted for. Two fish (+2)، one year (+1) and under one year (+0) were observed in all months sample combined of age. Three-year fish (+3) were sampled in all months except May. Among the sampled fish with the maximum age was +4 years old. Variation coefficient of fish +1، +2، +3 and +4، respectively 10، 5، 3/3 and 2/5 was observed. In attention that the coefficient of variation of fish by age is less than 20 Determine the optimum age of fish Byah (Liza macrolepis).

    Keywords: age determination, scale, Liza macrolepis, Musa estuary
  • Pages 33-42
    The aim of the present study was extraction and purification of cyclotides from Iranian Viola odorata and examination of their antimicrobial effects against Gram-positive S. aureus PTCC 1431. In the current study، the cyclotide was extracted and purified by fractionation method using SPE-C18 column. Determination of cyclotide purification degree and molecular weight was done by RP-HPLC and tricine SDS-PAGE methods، respectively. Antimicrobial effects of these peptides were studied by radial diffusion assays (RDAs). The results showed that antimicrobial effects of cyclotides were similar to vancomycin and amikacin. It seems that future studies might reveal and propose the use of these cyclotides in treatment of staphylococcal infections
    Keywords: Extraction, Purification, Cyclotides, Viola odorata, Staphylococcus aureus
  • Pages 43-55
    Background And Aim
    Rab23 is a member of the Rab family of proteins that regulate the fusion and docking of vesicle membranes to membrane of eukaryotic cells. This protein is a spontaneous negative regulator of hedgehog signaling in vertebrates. Hedgehog signaling has a critical role in tissue and organs of vertebrates which has associate with congenital disorders and many types of tumors. Therefore، inclusion of Rab23 is suggested in this pathway and expression anomalies. Mutation of the gene of Rab23 and abnormal expression of this protein can cause some diseases such as: Gorlin and Carpenter syndrome، thyroid carcinoma، hepatocell carcinoma، tumors and different types of cancers. Matherial and
    Methods
    Modelling of this protein was done via Modeller9V7 by selection a suitable template with high similarity fom PDB database. The best model was selected by Procheck for simulation step and then molecular dynamic simulation was done via GROMACS. Autodock4. 2 was used for docking analysis of Rab23 with cholesterol for determination of binding sites.
    Results
    Stability of RMSD and energy plot showed that the constructed 3D model is stable and close to reality. Docking analysis displayed some binding sites for cholesterol.
    Conclusion
    Having binding site for cholesterol suggests that this protein performes its role in docking to vesicle memberane through the region possesed cholesterol in association with other proteins such as GLI2 and GLI3. Owing to biological importance of Rab23، simulation of this protein in silico could be beneficial for therapeutic purposes in drug design and/or inhibitory ligands. Ling، molecular dynamic simulation
    Keywords: Rab23, Homology modling, molecular dynamic simulation
  • Pages 57-67
    The current study concerns biomass estimation of dominant aquatic plant species of four important wetlands in Babol (Mazandaran prov.) namely، Marzoonabad، Bosra، Langoor and Ramenet. 12 plant species belonging to 11 genera and 9 families were surveyed. A total of 131 vegetation plots along seven transects in various wetlands were collected and analyzed by ANOVA tests and DCA ordination. The average biomass of all dominant species in Babol wetlands is 1309. 19 gr/m2 of which Phragmites australis and Najas graminea possess the highest and lowest proportions، respectively. Moreover، Typha latifolia and Ceratophyllum demersum with 3029. 81 gr/m2 and 330. 10 gr/m2 have maximum and minimum dry weight in the studied plots، respectively. In the DCA ordination biplot، species like Ceratophyllum demersum، Typha latifolia، Phragmites australis and Potamogeton pectinatus have remarkable roles in increasing biomass in the studied wetlands. Moreover، ANOVA analyses indicated that except Schoenoplectus lacustris and Potamogeton lucense، other aquatic species demonstrate significant differences among the studied wetlands.
    Keywords: Biomass, Dominant aquatic plants, DCA, ANOVA analysis, Babol wetlands, Mazandaran Province
  • Pages 69-81
    This Study was conducted to analyze the protein، moisture and ash content of water fern، Azolla filiculoides، in the form of red and green as growth indicators in summer and winter، respectively. The fat content and fatty acid composition of the Azolla، a key component for making decision about the nutritional value of both green and red types، was also compared. Sampling of the green and the red types was done by collecting 20 kg fresh Azolla from Pirbazar، the Anzali Lagoon in November 2011 and August 2012، respectively. After transferring to the laboratory، the samples were dried by a freeze dryer machine and the amount of moisture، protein، fat، and ash of each sample was determined. The fatty acid composition of green and red samples was also evaluated based on the Folch method for GC Analysis after the fat esterification. The results of the present study showed that green and red Azolla contain 38. 85±6. 71% and 52. 42±8. 95% saturated fatty acids (SFAs)، respectively. However، the amounts of monounsaturated fatty acids (MUFAs) in green and red Azolla were 41. 25±13. 69% and 36. 21±8. 74% of total fatty acids. Besides، the poly unsaturated fatty acids (PUFAs) content in the green aquatic fern was 19. 87±6. 72%، while the red form had 11. 3311. 33±2. 61%. The results of the current research demonstrated that both Azolla samples had appropriate content of the fatty acid composition and protein content (18. 02±2. 11 g/100 g DW in the green form and 7. 87±1. 84 g/100 g DW in the red form) which could be used as an appropriate source of food for livestock، poultry، fish، and human diet، although green Azolla contains a higher nutritional value compared to the red form.
    Keywords: Azolla filiculoides, fatty acid, Anzali Lagoon