افزایش بودجه پژوهشی در دانشگاه ها خبر خوبی است، اما همچنان به نظر می رسد مشکلات حوزه پژوهش پابرجاست، از هزینه های محدود و نادرست پژوهش ها گرفته تا آفتی به نام فردگرایی در این حوزه. چالش های حوزه پژوهش در دانشگاه ها انگشت شمار نیست. یکی از مهم ترین چالش ها که تیغ انتقاد بر این نهاد را هم تیزتر می کند، بی تاثیری پژوهش های دانشگاهی در معضلات کشور است. این پرسش که چرا تاثیر دانشگاه را نمی توان در حل مشکلاتی در زمینه های اقتصاد، بهداشت، درمان، فرهنگ، سیاست، مسائل اجتماعی و... دید مساله مهمی است. بسیاری باور دارند وظیفه حل این چالش ها و مشکلات به عهده پژوهش است.