صراحت یکی از مهم ترین ویژگی های رئیس سازمان حفاظت محیط زیست است. او در برخورد با مشکلات زیست محیطی ابایی از عریان کردن ضعف های سازمان تحت مدیریتش ندارد، ماجرایی که به مذاق بسیاری از افراد فعال در این حوزه خوش نیامده، به همین دلیل او را بارها به حاشیه کشانده اند، اما عیسی کلانتری تاکید دارد در رابطه با واقعیات با کسی تعارف ندارد و آنچه را اتفاق می افتد به مردم می گوید. وقتی گفت آلودگی هوای تهران را فقط با دعا کردن برای آمدن باد می توان حل کرد، خیلی ها این گفته را دستمایه طنز قراردادند و مدیریتش را زیر سوال بردند. کلانتری بتازگی نیز از مافیای خودرو حرف زده است و این که زورش به این مافیا نمی رسد.