سازمان محیط زیست ایران در اواخر دهه 1350 به توصیه سازمان جهانی محیط زیست وابسته به سازمان ملل متحد به وجود آمد. در آن تاریخ تنها سازمانی که برای حفظ حیات وحش و حمایت از حیوانات در ایران وجود داشت، سازمان شکاربانی بود. دولت وقت همین سازمان را برای حفظ محیط زیست برگزید، آن را گسترش داد و با استفاده از کارشناسان ایرانی و بین المللی، سازمان کنونی حفاظت از محیط زیست را به وجود آورد. با وقوع انقلاب، ماده 50 قانون اساسی جمهوری اسلامی به تاسیس و عملکرد این سازمان صورت قانونی بخشید. پیش از آن سازمان بین المللی حفاظت از محیط زیست به کشورهای خلیج فارس توصیه کرد با همکاری یکدیگر به کنترل کیفی محیط خلیج