مواجهه رهبرمعظم انقلاب در اداره کشور با مسئولان و کارگزاران نظام عمدتا به دو گونه است. روش اول اینکه رهبری با راهنماییها و هشدار، به طور علنی و یا خصوصی خطوط قرمز نظام را ترسیم و مسئولان را در چارچوب قوانین کشور هدایت می کنند تا در جهت منافع و امنیت ملی، برنامه ها و عملکرد خود را تنظیم و اقدام نمایند. روش دیگر حکم حکومتی است که رهبری با استفاده از اختیارات ولایی خویش که فراتر از اختیارات قانونی است، برای حفظ منافع مردم و کشور و نظام، دستوری را صادر می کنند که اجرای آن برای مسئولان بدون فوت وقت لازم است. البته حکم حکومتی برای موضوعات نادر و بسیار حیاتی است و اصل بر این است که کشور از طریق مجاری