زمانی که بحث هدفمندسازی یارانه ها مطرح شد، قرار بر این بود که تمام یارانه های آشکار و پنهانی که در اقتصاد کشور توزیع می شود در این طرح بررسی و نسبت به حذف آن اقدام شود. به عنوان مثال بنزین با قیمت بالایی خریداری می شود و بعد به صورت یارانه ای با قیمت پایین فروخته می شود که مابه التفاوت این قیمت ها مشمول یارانه است. در همان زمان همچنین یارانه هایی به شیر، گندم و چغندر قند و… پرداخت می شد که مقرر شد شناسایی، حذف و با ایجاد چتر حمایتی به گروه های هدف، یارانه پرداخت شود. اما نهایتا پرداخت نقدی یارانه به شیوه کنونی به دیگر شیوه های هدفمندی ترجیح داده شد. رقم دقیقی از یارانه های پنهان در دسترس نیست اما با توجه به میزانی که دولت یارانه می دهد به نظر می رسد مبلغی که رییس سازمان برنامه و بودجه گفته است، یعنی 394 هزار میلیارد تومان، نزدیک به صحیح باشد. البته با توجه به اینکه قیمت ها در کشور بالا رفته است، هزینه های تمام شده برای برخی کالاها نیز بیشتر می شود و دولت مجبور به دادن یارانه بیشتر است. از یک طرف دولت مجبور به پرداخت به این یارانه ها شده است و نمی تواند به حذف آن اقدام کند اما پرداخت آن، دولت را با کسری بودجه مواجه کرده است..

پرداخت این یارانه ها از جهت رفاه حال خانوار، هزینه های تولید و از این موارد موثر است. توجه کنیم خانوار با شرایط فعلی هزینه اندکی را برای حامل های انرژی پرداخت می کند. با ارایه این یارانه ها هزینه های برخی از بنگاه ها برای تولید کاهش پیدا کرده است اما از آن سو منبع تامین این هزینه ها نگران کننده است. دولت خدماتی دیگر را گران می کند یا با استقراض از بانک مرکزی به رشد نقدینگی اقدام می کند.این موضوع ممکن است منجر به بالا رفتن رقم یارانه های پنهان شود.

دولت ها از یارانه دادن به عنوان یک امتیاز بهره می برند. اگر افزایش قیمت خدمات عمومی صورت نپذیرد، ادامه دادن آن با هزینه های کسری بودجه همراه است و با توجه به آنکه در شرایط فعلی دولت بدهی های دیگری به پیمانکاران و بانک ها دارد، توان دولت محدودتر هم هست و نتیجتا توان ادامه دادن این شرایط را ندارد و مجبور است که به اصلاح قیمت ها اقدام کند.