در برهه ای از جنگ، صدام تهران را‏‎ ‎‏موشک باران می کرد. گاهی اتفاق ‏‎ ‎‏می افتاد که موشک ها‏‎ ‎‏در نزدیکی جماران به زمین می خوردند. عده ای از ‏‎ ‎‏دکتر ها‏‎ ‎‏از این قضیه ناراحت بودند و حتی بعضی از آنها‏‎ ‎‏خدمت امام رفته ‏‎ ‎‏و با‏‎ ‎‏ناراحتی و گریه از ایشان خواهش کردند که اجازه دهند پناهگاهی ‏‎ ‎‏برای ایشان ساخته شود. حضرت امام وقتی که ملاحظه می کنند آنها‏‎ ‎‏احساساتی شده اند برای اینکه از احساسات آنها‏‎ ‎‏بکاهند می فرمایند بروید ‏‎ ‎‏طرح و برنامه هایتان را‏‎ ‎‏بیاورید که ببینم چه برنامه ای دارید. اینها‏‎ ‎‏فکر ‏‎ ‎‏کردند که امام به پناهگاه می رود ، لذا‏‎ ‎‏زیرزمین حسینیه را‏‎ ‎‏به عنوان ‏پناهگاه آماده کردند. ‏

‏‏ما‏‎ ‎‏زیرزمین حسینیه را‏‎ ‎‏تمیز کردیم، حتی تختی هم برای زمان ‏‎ ‎‏استراحت امام قرار دادیم، بعد از این مقدمات به حضرت امام خبر دادند ‏‎ ‎‏که آقاجان، محل آماده است. حضرت امام فرمودند من نگفتم که بروید ‏‎ ‎‏محلی را‏‎ ‎‏به عنوان پناهگاه برای من آماده کنید‏‏،‏‏ من گفتم بروید برنامه و ‏‎ ‎‏طرح هایتان را‏‎ ‎‏بیاورید که ببینم چه طرح و برنا‏‏‏‏مه ای دارید؟ سپس ‎‏فرمودند‏‏:‏‎ ‎‏اگر موشکی به جماران اصابت کند و در کنار من پیرزنی شهید ‏‎ ‎‏شود و من در پناهگاه باشم و آسیبی نبینم فردا‏‎ ‎‏تاریخ درباره من چه ‏‎ ‎‏قضاوتی خواهد کرد؟ آیا‏‎ ‎‏نمی گویند خمینی برای خودش پناهگاه ساخت ‏‎ ‎‏اما‏‎ ‎‏آن پیرزن، پناهگاه نداشت. من نه جواب خدا‏‎ ‎‏را‏‎ ‎‏می توانم بدهم‏‏، نه‏‎ ‎‏جواب ملتم را. شما‏‎ ‎‏بروید و هر وقت برای همه ‏‏افراد این مملکت پناهگاه ‏‎ ‎‏ساختید، آن وقت من هم به پناهگاه می روم.(1)

1. سید رحیم میریان - کتاب خاطرات خادمان و پاسداران امام خمینی(ره) ص39.