بررسی تنوع ژنتیکی جدایه های ویروس موزائیک جنوبی مرغ بر اساس ترادف نوکلئوتیدی ناحیه 3 ژنوم

ویروس موزائیک جنوبی مرغ (Bermuda grass southern mosaic virus، BgSMV)، فراوان ترین ویروس مولد موزائیک در مرغ در نواحی گرمسیری جنوب ایران می باشد. به منظور تعیین تنوع ژنتیکی BgSMV، گیاهان مرغ با علائم موزائیک از جیرفت، بوشهر، برازجان، رامهرمز، اندیمشک، شوشتر، بهبهان و داراب جمع آوری و ناحیه 3 ژنوم آنها با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ویروس با روش RT-PCR تکثیر و همسانه سازی شد. ناحیه CP-UTR این جدایه ها به همراه تعدادی از ترادف های پوتی ویروس های غلات موجود در بانک ژن مقایسه و پس از انجام همردیف سازی چندگانه، مورد تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی قرار گرفت. جدایه های مورد مقایسه در درخت فیلوژنتیکی در 6 شاخه جداگانه قرار گرفتند که عبارت بودند از: BgSMV، ویروس موزائیک کوتولگی ذرت (Maize dwarf mosaic virus، MDMV)، ویروس موزائیک نیشکر (Sugarcane mosaic virus، SCMV)، ویروس موزائیک قیاق (Johnson grass mosaic virus، JGMV)، ویروس موزائیک سورگوم (Sorghum mosaic virus، SrMV) ودو ویروس موزائیک ایرانی قیاق (Iranian Johnson grass mosaic virus، IJMV) و موزائیک زآ (Zea mosaic virus، ZeMV) که در یک شاخه قرار گرفتند. در بین پوتی ویروس ها، BgSMV بیشترین تشابه را با MDMV داشت. اما در ناحیه 5 ژن پروتئین پوششی BgSMV، 90 نوکلئوتید (معادل 30 آمینو اسید) بیشتر از MDMV داشت و این مساله در تمام جدایه های BgSMV صادق بود. میانگین درصد تشابه نوکلئوتیدی ناحیه CP-UTR بین جدایه های BgSMV، 1/98 درصد به دست آمد که نشان دهنده تنوع ژنتیکی پایین این ویروس در این ناحیه از ژنوم است. به رغم وجود تشابه نوکلئوتیدی بالای BgSMV با MDMV، با توجه به تفاوت های اساسی از نظر دامنه میزبانی و سرولوژی بین دو ویروس و وجود یک قطعه 90 نوکلئوتیدی اضافی در ناحیه 5 ژن CP، BgSMV به عنوان گونه ای نزدیک به MDMV در جنس پوتی ویروس در نظر گرفته می شود.