خوشه بندی بیانی پروتئین های هیپوکامپ موش صحرایی سالم و آلزایمر در حضور عصاره آبی اسطوخودوس

یکی از میان برهای کشف هدف های دارویی بهره گیری از دانش های جدیدی علوم پایه پزشکی نظیر ژنومیکس، پروتئومیکس، متابولومیکس، آمار زیستی و بیوانفورماتیک می باشد که به صورت جامع نگر به مطالعه مباحث بیولوژیک و پزشکی می پردازد. در این مطالعه با کمک دانش پروتئومیکس و استفاده از بیوانفورماتیک و آمار زیستی به شناسایی هدف های پروتئینی دارویی برای درمان آلزایمر پرداخته می شود. پروتئوم هیپوکامپ موش های آلزایمری و سالمی که تحت تاثیر عصاره آبی گیاه اسطخودوس قرار گرفته اند مورد خوشه بندی از نظر میزان بیان قرار می گیرند.

استخراج پروتئین از نمونه مغز موش سالم(C): استخراج پروتئین از نمونه مغز موش سالم(C) و آلزایمری(A) که عصاره دریافت نکرده اند و سالم(CE) و آلزایمری(AE) که تحت انکوباسیون با عصاره بوده اند صورت گرفت و با استفاده از الکتروفورز دوبعدی جداسازی پروتئین ها انجام شد. سپس ژل ها جهت رویت لکه های پروتئینی به روش نیترات نقره رنگ آمیزی شد. پروتئین های چهار گروه با نرم افزار بیوانفورماتیکی مورد آنالیز بیوانفورماتیکی و آماری قرار گرفت یافته های پژوهش: آنالیز بیوانفورتیکی و آماری ژل های به دست آمده از تکنیک الکتروفورز دو بعدی نشان داد که 990 نقطه پروتئینی در چهار گروه مشاهده شد مقایسه پروتئوم A و AE، 49 پروتئین در گروه A وجود داشت که در گروه AE بیانی نداشتند در حالی که 26 نقطه در گروه AE وجود دارد که دارای بیان جدید هستند و ناشی از اثر عصاره است. مقایسه پروتئوم دو گروه C و CE نشان داد که حضور عصاره باعث بیان 80 پروتئین جدید و خاموشی 104 پروتئین شده است

بعد از حذف پروتئین های مشترک بین دو گروهی که تحت تاثیر عصاره بودند پروتئین هایی که در واقع نقش کاندید دارویی برای درمان آلزایمر هستند مشخص شد. تغییرات در سطح ملکولی با آنالیزهای آماری چند متغیره ای نظیر کلاسترینگ یا آنالیز همبستگی و آنالیز مولفه اصلی به خوبی آشکار گردید و گروه های پروتئینی که دارای تغییر بیان بودند در 3 خوشه اصلی معرفی گردید. در نهایت می توان نتیجه گرفت که عصاره اسطوخودوس باعث تغییر بیان معنی داری در سطح پروتئوم می شود و احتمالا فرایند های بیولوژیک ویژه ای را در هیپوکامپ موش صحرایی فعال می نماید که در همراهی با تقویت یادگیری و حافظه در موش سالم و آلزایمری می گردد.