مطالعه اثر ناحیه ژنومی حامل ژن Hd 1 بر زمان خوشه دهی در برنج

عبور از مرحله رویشی به مرحله زایشی موجب تنظیم زمان خوشه دهی در برنج می گردد که از صفات مرتبط با سازگاری این گیاه به نواحی کاشت مختلف یا فصول متفاوت، می باشد. چندین ژن مرتبط با زمان خوشه دهی در برنج شناسایی شده است که یکی از مهمترین آنها ژن Hd1 بر روی کروموزوم شماره 6 برنج می باشد. در این مطالعه دو رقم برنج شامل ارقام صدری (به عنوان والد بخشنده زودرس) و ندا (به عنوان والد دوره ای دیر رس)، به منظور بررسی اثر ناحیه ژنومی حامل ژن Hd1 بر زمان خوشه-دهی در برنج، تلاقی داده شدند و با دو بار تلاقی برگشتی نسل BC2 ایجاد گردید. سپس یک بوته هتروزیگوت از نسل BC2 خودگشن گردید تا جمعیت BC2F2 جهت انجام مطالعات فنوتیپی و مولکولی به دست آید. جمعیت مورد مطالعه از نظر زمان خوشه دهی دارای توزیع فنوتیپی پیوسته بوده و برخی افراد جمعیت تفکیک متجاوز نسبت به والد دیررس نشان دادند. بر اساس ناحیه InDel موجود در اگزون شماره یک ژن Hd1 یک نشانگر کارکردی اختصاصی طراحی شد که تفاوت باندی واضحی بین والدین تلاقی ایجاد نمود. از اینرو، این نشانگر جهت ارزیابی الگوی آللی Hd1 در جمعیت BC2F2 استفاده گردید. بررسی نحوه تفکیک آللی نشان داد که مکان ژنی Hd1 در جمعیت مورد مطالعه از الگوی تفرق مورد انتظار مندلی (با نسبت 1:2:1) پیروی نمود. نقشه یابی فاصله ای مرکب (CIM) با نشانگرهای ریزماهواره نشان داد که ناحیه ژنومی در حد فاصل نشانگرهای Hd1-RM527 ارتباط زیادی (5/7