تشخیص مولکولی سرووار بیماری زای سالمونلا انتریتیدیس به روش LAMP با استفاده از مارکر اختصاصی غربال شده به وسیله روش های ژنومیک مقایسه ای

سالمونلا انتریتیدیس یکی از شایع ترین علل گاستروانتریت می باشد که در موارد حاد می تواند منجر به سپتی سمی و یا حتی مرگ شود. در مطالعه حاضر با استفاده از روش های ژنومیک مقایسه ای مارکرهای ژنی این سرووار غربال گردید و اختصاصی ترین مارکر با استفاده از روش LAMP برای شناسایی این پاتوژن مورد هدف قرار گرفت.
این مطالعه در سال 1394 صورت گرفت. به منظور یافتن مارکرهای ژنی سالمونلا انتریتیدیس ، 50 ژنوم کامل از سویه های سالمونلا انتریتیدیس و سایر جنس های خانواده انتروباکتریاسه با استفاده از روش های ژنومیک مقایسه ای موردبررسی قرار گرفتند. مارکر اختصاصی غربال شده با طراحی 6 پرایمر اختصاصی و با استفاده از روش LAMP به منظور شناسایی سویه های سالمونلا انتریتیدیس هدف قرار گرفت (سویه های باکتریایی مورد استفاده در این مطالعه از بیمارستان های جنوب شرق کشور جمع آوری گردید). کارایی روش LAMP برای شناسایی سالمونلا انتریتیدیس در نمونه های گوشت مرغ که بصورت مصنوعی به این باکتری آلوده شده بودند، نیز مورد ارزیابی قرار گرفت.
ژن lygC به عنوان اختصاصی ترین مارکر برای شناسایی سویه های سالمونلا انتریتیدیس انتخاب شد. نتایج حاصل از روش LAMP اختصاصیت این مارکر را برای شناسایی ایزوله های سالمونلا انتریتیدیس نشان داد. حساسیت این روش برای کشت خالص باکتری CFU/reaction 10 و برای نمونه های گوشت مرغ آلوده CFU/mL 103 در آغاز انکوباسیون و CFU/mL 10 بعد از 4 ساعت انکوباسیون ارزیابی گردید.