شناسایی مارکرهای ژنتیکی و پروتئینی سالمونلا انتریکا سرووار تیفی موریوم با استفاده از آنالیزهای بیوانفورماتیکی با رویکرد تشخیص و درمان

: سالمونلا انتریکا سرووار تیفی موریوم یکی از علل شایع مسمومیت های غذایی در انسان می باشد. با توجه به این که انتخاب مارکرهای مناسب یکی از چالش های اصلی روش های تشخیصی ارائه شده برای این پاتوژن می باشد، در مطالعه حاضر، با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی، مارکرهای ژنتیکی این سرووار به عنوان اهداف تشخیصی مناسب غربال گردید. در فاز دوم کار، ساختار و عملکرد پروتئین های کد شده به وسیله این مارکرها تعیین شد.
این مطالعه در سال 96-1395 اجرا گردید. به منظور یافتن مارکرهای ژنی سالمونلا تیفی موریوم، 45 ژنوم کامل سرووار سالمونلا تیفی موریوم و سایر جنس های خانواده انتروباکتریاسه با استفاده از نرم افزار Mauve مورد مقایسه قرار گرفتند. به منظور تعیین ساختار و عملکرد پروتئین های مربوط به این توالی ها به ترتیب از نرم افزارهای I-TASSER و Phyre2 برای مدل سازی ساختاری و از پایگاه ها و نرم افزارهای CDD، InterProScan، DALI و ProFunc برای تعیین عملکرد استفاده شد.
نواحی خاصی از ژن های STM4491-STM4496 به عنوان مارکرهای اختصاصی سالمونلا تیفی موریوم تعیین شدند. عملکرد پروتئین های مربوط به این ژن ها در 5 گروه شامل Lon پروتئازها، پروتئین های متصل شونده به نوکلئوتید، NTPase ها، پروتئین های درگیر در مسیر ترمیم DNA و DNA متیلازها پیش بینی شد.