مقایسه برنامه های سرهم بندی و آنالیز هستی شناسی با استفاده از داده های حاصل از توالییابی ترنسکریپتوم زرین گیاه (Dracocephalum kotschyi Boiss.)

با پیشرفت های سریع در تکنولوژی توالی یابی نسل جدید امروزه این تکنیک به ابزاری قدرتمند و کم هزینه برای مطالعات در سطح ترنسکریپتوم تبدیل شده است. سرهم بندی داده های حاصل از توالی یابی نسل جدید، به صورت de novo باعث شکل گیری مسیری نوین در مطالعه و شناخت گونه های فاقد ژنوم مرجع گردیده است. با گسترش این تکنولوژی و افزایش روز افزون نرم افزارهای سرهم بندی، انتخاب مسیر و گزینش نرم افزار برتر برای سرهم بندی داده های حاصل از توالی یابی ترنسکریپتوم به عنوان چالشی برای زیست شناسان در این زمینه به شمار می آید. در این پژوهش برای اولین بار داده های حاصل از توالی یابی ترنسکریپتوم زرین گیاه با استفاده از نرم افزارهای Oases-velvet، SOAPdenovo-Trans، Trans-ABySS و Trinity به دو صورت مختلف با استفاده از پارامتر K=25 و K=32 به منظور دستیابی به مسیر مناسب و نرم افزار برتر در این زمینه مورد ارزیابی و آنالیز قرار گرفت. نتایج حاصل از سرهم بندی براساس معیارهای متعددی مقایسه شده که گویای برتری Trinity و Trans-ABySSمی باشد، در پایان خروجی حاصل از بهترین سرهم بندی به منظور بررسی فراوانی ایزوفرم های مختلف و آنالیز هستی شناسی (Gene Ontology) مورد ارزیابی قرار گرفت. باتوجه به دارویی بودن این گیاه و بالا بودن متابولیت های ثانویه آن، بیشترین فراوانی در بخش فرایندهای زیستی، مربوط به فعالیت های متابولیتی گزارش شد.