طراحی واکسن پلی اپی توپی سلول های B و T ضد سویه های باکتری هموفیلوس: با رویکرد بیوانفورماتیکی

علی رغم وجود واکسن های کونژوگه ضد سویه های هموفیلوس عفونت های ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارت های اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل می کند. کارا نبودن واکسن های موجود ضد همه سویه ها می تواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس موثر باشد. از نقاط ضعف این واکسن ها می توان به عدم پوشش اپی توپ های گوناگون از سویه های هموفیلوس در واکسن های موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعه ای از پروتئین های حراست شده و مشترک در سویه های تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپی توپ ها و طراحی واکسن ضروری است.

این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپی توپی موثر بر ضد سویه های بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهره گیری از رهیافت های in silico انجام شد.

روش‎ کار: 

ابتدا توالی های پروتئین های مورد نظر از پایگاه های داده بازیابی شدند و به منظور به دست آوردن مناطق حراست شده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپی توپ های سلول های B و T برای 6 پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP6)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D15  با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپی توپ های مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگی های فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت.

6 اپی توپ سلولCD4+ T و 3 اپی توپ سلول B از 6 پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابی های ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپی توپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که می تواند یک واکسن بالقوه باشد.

نتیجه گیری نهایی: 

سازه پلی اپی توپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک می تواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.