آنالیز ترانسکریپتوم پاسخ دهنده به تنش شوری در ریشه جو .(Hordeum vulgare L)

تنش شوری یکی از مهم ترین تنش های محیطی است که منجر به کاهش رشد و عملکرد گیاهان زراعی می شود. جو یک محصول مهم زراعی است که به عنوان گیاهی متحمل به شوری در بین غلات شناخته می شود. در این مطالعه، ترانسکریپتوم پاسخ دهنده به تنش شوری در ریشه ارقام متحمل (افضل) و حساس (یوسف) مورد بررسی قرار گرفت. توالی یابی ترانسکریپت های mRNA (اصطلاحا RNA-Seq) با استفاده از پلت فرم ایلومینا HiSeq، بعد از فیلتر شدن برای RNA با دم 3 پلی آدنیله که فقط شامل mRNA باشد، اجرا شد. جهت شناسایی ترانسکریپت های تغییر بیان یافته از پایپلاین Tuxedo استفاده گردید. نتایج توالی یابی نشان داد که پس از تریمینگ اولیه خوانش ها، بالای 20 میلیون خوانش (92 درصد) برای تمامی نمونه ها باقی ماند و از این تعداد خوانش، حدود 88 درصد با ژنوم جو هم ردیف شدند. آنالیزهای بیوانفورماتیکی نشان داد که ژن های تغییر بیان یافته در فرآیندهای مختلفی همچون فعالیت آنتی پورتر و ترانسپورتر غشایی، آنتی اکسیدان، طیف وسیعی از آبشارهای کینازی و فسفاتازی، ترارسانی، متابولیک کربوهیدرات ها، اسیدهای آمینه و لیپیدها، فرآیندهای اتصال، پاسخ به هورمون های گیاهی، فعالیت کاتالیتیک و سازماندهی دیواره سلولی نقش دارند. در تجزیه شبکه ژنی مشاهده شد که ژنهای کلیدی از جمله پروتئین های درگیر در ایجاد مقاومت اکتسابی سیستمیک، پروتئین های خانواده پراکسیداز، پروتئین کیناز وابسته به سایکلین، فسفاتیدیل اینوزیتول کیناز، پروتئین های حامل اکسین، مانوز 6 فسفات ایزومراز، هلیکازها و فاکتورهای رونویسی در ایجاد تحمل به شوری نقش مهمی ایفا می کنند. این اطلاعات می توانند به عنوان یک منبع ارزشمند در مطالعات آینده برای دستورزی های ژنتیکی گیاه جو و توسعه رقم متحمل به شوری استفاده شوند.