سکانس کامل سویه IR Clone12 مشتق شده از سویه لاسوتا ویروس نیوکاسل موسسه رازی به روش کلونینگ

در چند سال اخیر بیماری نیوکاسل در صنعت طیور خسارات گسترده ای از جهت تلفات و افت تولید در مزارع پرورش مرغ گوشتی، تخمگذار و مادر گوشتی در کشور ایجاد نموده است. استفاده گسترده از واکسن های زنده و غیرفعال نیوکاسل سطح ایمنی را تا حد زیادی افزایش می دهد، اما هنوز بیماری نیوکاسل مسئله مهمی در کشورهای در حال توسعه نظیر ایران می باشد. تحقیق حاضر با هدف تعیین توالی کامل ویروس نیوکاسل سویه Clone12 IR مشتق شده از سویه لاسوتا انجام گرفت. ابتدا ویروس به تخم مرغ جنین دار SPF 10 روزه تزریق شد.پس از 72 ساعت مایع آلانتوییک جمع آوری شد. مایع آلانتوییک با کمک سانتریفوژ دور بالاو گرادیانت ساکارز به صورت مناسب تخلیص شد. RNA ویروسی با کیت تجاری مناسب استخراج شد. با استفاده از یک جفت پرایمر اختصاصی (GSP) دو قطعه cDNA ساخته شد. بدون درنظرگرفتن جایگاه ژنی هفت جفت پرایمر طراحی و  ژنوم ویروس با روش PCR آمپلی فای شد. هر محصول PCR طولی برابر با (kb 5/2-2) را شامل می شد. محصول PCR از روی ژل آگارز یک درصدالکتروفورز استخراج و بر روی پلاسمید pJET1.2 به نسبت سه به یک ligate شد، در ادامه به باکتری TOP10 ترانسفورم شد. پس از تکثیر پلاسمید استخراج گردید. برای اطمینان از کلونینگ موفق آنزیم برش Bgl II استفاده شد. پلاسمیدها برای تعیین توالی به روش سنگر به شرکت تجاری معتبر ارسال شد. در نهایت با استفاده از نرم افزار مگا5، تمام 15186 نوکلیوتید تعیین توالی گردید. و در Gene Bank با کد  MH247189 به ثبت رسیده و قابل دسترسی می باشد. ORF شروع و پایان هر ژن مشخص شد.