تجزیه و تحلیل مدل سازی همگرا از برهم کنش زیر مجموعه های α و β توکسین شیگا با پروتئین های اینترفرون گاما، پروستاگلاندین سنتتاز 2 و سدیم/گلوکز کوترانسپورتر به عنوان گامی در مهار سرطان

با پیشرفت فناوری بیوانفورماتیک، اکنون می توان با سرعت بیشتری بر روی روش های نوین درمان سرطان مانند استفاده از توکسین های باکتریایی تحقیق کرد. در این مطالعه بیوانفورماتیکی، امکان اتصال زیرواحدهای توکسین شیگا (StxA و StxB) به پروتیین های اینترفرون گاما (IFNG)، پروستاگلاندین سنتتاز 2 (PTGS2) و سدیم/گلوکز کوترانسپورتر (SGLT1) بررسی شد تا بتوان گامی در جهت مهار سرطان برداشت.

توالی های ژنی از پایگاه NCBI استخراج شد. برای توالی یابی و مدل سازی ساختار سه بعدی پروتیین ها به ترتیب از پایگاه های اطلاعاتی SWISS-MODE و jmol استفاده شد. اثر StxA و StxB بر پروتیین های IFNG، PTGS2 و SGLT1 با پایگاه ZDOCK با روش پهلوگیری مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت.

ساختار سه بعدی پروتیین ها نشان داد که پروتیین StxA مونومر نمی باشد و StxB دارای ساختارهای صفحه ای است که موجب اتصال آن به سطح سلول می-شوند. مارپیچ های آلفا و صفحات بتا در IFNG وجود دارد و این پروتیین مونومری فاقد ساختار سوم متقارن است. PTGS2 دارای ساختار کمپلکس و بزرگ متشکل از چندین مارپیچ آلفا و صفحه بتا است. در SGLT1 که پروتیینی غشاء گذر است، تنها مارپیچ های آلفا وجود داشت. میان کنش قابل توجهی بین پروتیین شیگا توکسین با هر سه پروتیین IFNG، PTGS2 و SGLT1 وجود دارد.

یافته های این تحقیق افق جدیدی جهت مطالعات آزمایشگاهی اثر شیگا توکسین جهت بررسی توانایی تحریک سیستم ایمنی، کاهش رشد تومور و درمان سرطان با توجه به امکان اتصال آن به پروتیین های موثر در این روندها ارایه می دهد.