بررسی بیوانفورماتیک میکرو RNA های موثر بر بیان ژن های دخیل در فرآیند ترمیم و بازسازی بافت ماهی گورخری (Danio rerio)

بازسازی یک فرآیند درون‌زا است که با ترمیم کامل عملکرد بافت و اندام به اوج خود می‌رسد. در حالی که ظرفیت بازسازی در پستانداران محدود به بافت‌های خاصی است، مهره‌داران پست‌تر مانند ماهی گورخری توانایی بازسازی کل اندام‌ها و اکثر بافت‌های بالغ را دارند. میکرو RNA ها، مولکول‌های کوچک غیر کد شونده‌ای هستند که از طریق کنترل بیان ژن‌های هدف، فرآیندهای زیستی مختلف (مانند ترمیم، تمایز و آپوپتوز) را تنظیم می‌کنند. یک چالش مهم در مطالعه میکرو RNA ها، شناسایی و پیش‌بینی ژن‌هایی است که به‌وسیله این مولکول‌های کوچک مورد هدف قرار می‌گیرند. در سال‌های اخیر روش‌های مختلفی مانند ریز آرایه، نورترن بلات و qRT-PCR جهت شناسایی ژن‌های هدف میکرو RNA ها معرفی شده است اما هزینه بسیار زیاد، استفاده از این روش‌ها را محدود کرده است. با پیشرفت روش‌های محاسباتی و الگوریتم‌های بیوانفورماتیک می‌توان ژن‌های هدف میکرو RNA ها را با هزینه کمتری شناسایی و پیش‌بینی نمود. در این مطالعه تلاش بر این بود که با یک رویکرد بیوانفورماتیک، ژن‌ها و میکرو RNA های دخیل در فرآیند ترمیم و بازسازی بافت‌های ماهی گورخری (Danio rerio) را با استفاده از نرم‌ افزارهای پایگاه‌های اطلاعاتی Target Scan و DIANA شناسایی کنیم. نتایج نشان داد که بیان ژن‌های Stat3, Dot1l, Pax6b, Smarca5, Mmp9, Cx43, Tnfb, Sox2, Ascl1a و Hspd1 با بیشترین احتمال ممکن است در فرآیند ترمیم و باز‌سازی بافت‌های ماهی زبرا تحت تاثیر میکرو RNA های مختلف تنظیم شود. بنابراین، ژن‌های یاد شده جهت بررسی آزمایشگاهی ژن‌های دخیل در فرآیند ترمیم و بازسازی بافت گونه مورد نظر می‌توانند کاندیدای مناسبی باشند.