بررسی مسیر عملکردی ژن های هدف miRNAها در پاسخ به تنش های شوری و خشکی در کلزا

تنوع و پیچیدگی تنظیم miRNA نشان دهنده اهمیت آن ها در فرآیندهای زیستی است و بسیاری از بخش های تنظیم miRNA می توانند یک شبکه تنظیمی پیچیده miRNA-mRNA را تشکیل دهند. بنابراین، تحقیق روی شبکه های تنظیم کننده miRNA-mRNA می تواند اطلاعات مفیدی را برای درک فرآیندهای زیستی پیچیده ارایه دهد، که برای مطالعه بیشتر مکانیسم های تحمل به تنش در گیاهان به خصوص در گیاه کلزا از اهمیت بالایی برخوردار است. در این پژوهش با استفاده از مرور مقالات انجام شده در زمینه تنش های غیر زیستی انتخاب miRNA های موثر در تنش خشکی و شوری انجام گرفت و با استفاده از توالی های مربوط به miRNAهای بالغ و به کمک نرم افزار آنلاین psRNATarget، شناسایی ژن های هدف انجام شد. لیست ژنی از 225 ژن هدف شناسایی شده با کمک پایگاه UniProt تهیه شد. شناسایی مسیر عملکردی آن ها با کمک پایگاه بیوانفورماتیک DAVID و سایتKEGG طبق پارامترهای پیش فرض انجام گرفت. بررسی ها نشان داد که این ژن های هدف در مسیرهای زیستی متعددی ازجمله ریبوزوم، اسپلایسوزوم، پروتیازوم، متابولیسم پورین، متابولیسم سلنوکامپاند و متابولیسم سولفور شرکت داشتند. همچنین به منظور بررسی ژن های هم بیان از پایگاه داده STRING استفاده شد که نشان دهنده وجود 37 ژن هم بیان در بین ژن های هدف شناسایی شده بود.