مطالعه بیان افتراقی ژن های مرتبط با باروری در بافت جسم زرد گاو نژاد هلشتاین با استفاده از داده های RNA-Seq

صفت باروری بعنوان عامل اصلی برای تداوم سودآوری در مزارع گاو شیرده محسوب می شود. پژوهش حاضر، به منظور تعیین ژن های بیان شده افتراقی در باروری گاو نژاد هلشتاین با استفاده از داده های ترانسکریپتوم صورت گرفت. بدین منظور، در مجموع نمونه بافت جسم زرد 18 راس گاو نژاد هلشتاین با نوبت زایش 2 به بالا که به صورت ترکیب شد (Pooling)  در دو گروه با باروری زیاد و باروری کم هر کدام در سه تکرار بیولوژیک تقسیم بندی شده بودند استفاده شد. تمامی مراحل آماده سازی توالی های خام و تجزیه و تحلیل آن ها در پلتفرم گالاکسی نسخه 01/22 انجام شد و متعاقبا، هستی شناسی ژن با استفاده از پایگاه داده DAVID نسخه 2021 صورت پذیرفت. در نهایت، نتایج آنالیز بیان افتراقی ژن در بافت جسم زرد نشان داد که از 13049 رونوشت ترانسکریپتومی بیان شده، 19 ژن به عنوان ترانسکریپتوم های شاخص عمل کرده اند (q-   value≤0.05).  همچنین، ژن های UBE3B، NIF3L1 و ORC2 سه ژن شاخص عملکردی بودند که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند. ژن UBE3B در فرآیند های بیولوژیک به عنوان پروتیین درگیر در فرآیند کاتابولیک پروتیین وابسته به یوبیکوییتین است. در جهت تفسیر بیشتر نتایج، ژن NIF3L1 در فرایند بیولوژیک تمایز نورون، تنظیم مثبت رونویسی، الگوی DNA، تنظیم منفی رونویسی با الگوی اسید نوکلییک، نقش دارد. همچنین، ژن ORC2 در فرایند بیولوژیک همانندسازی DNA نقش بازی می کند. ژن های KRT8، PHLDB3، PPT2، LOC787628، PPYR1، TOX، TP73، DHX8، KCNN1، CLEC6A، PXMP4، LRRC26، SLC34A3 و OR13C7 در گاوهای با باروری کم، مقدار بیان بیشتری در جسم زرد نشان داده است. سه ژن PPT2‏‏ ،‏ PPYR1 و CLEC6A جزو ژن های شاخص محسوب می شوند. به عنوان نتیجه گیری کلی، جایگاه های UBE3B، NIF3L1 و ORC2 که مقدار بیان بیشتری در جسم زرد گاوهای با باروری زیاد داشتند می توانند بعنوان ژن های شاخص عملکردی در انتخاب ژنتیکی گاوهای شیری مورد استفاده قرار گیرند.