بررسی بیوانفورماتیکی پروتئین (SQS) در پروکاریوت ها و یوکاریوت ها

اسکوالن یک تری ترپن غیر اشباع با کاربردهای گسترده در داروسازی است. در این تحقیق تولید اسکوالن و بررسی بیوانفورماتیکی آن در چهار گونه یوکاریوت تک سلولی و پرسلولی و پروکاریوت به منظور تفاوت این ژن در یوکاریوت ها و پروکاریوت ها مورد بررسی قرار گرفت. نتایج آنالیز فیلوژنتیکی نشان داد که جلبک به عنوان یوکاریوت پرسلولی، مخمر به عنوان یوکاریوت تک سلولی و باکتری به عنوان پروکاریوت تک سلولی در یک گروه و گیاه در گروه مجزا قرار گرفت. درصد GC پروتیین SQS توسط GC Content Calculator و همچنین شاخص آلیفاتیک و شاخص ناپایداری توسط protparam بررسی شد. نتایج نشان داد که ژن SQS در دامنه ای از ناپایداری تا پایدار قرار دارد. آنالیز وجود توالی های سیگنال و آنالیز رهگیری محل استقرار نهایی پروتیین نشان داد که احتمال انتقال پروتیین SQS به میتوکندری، کلروپلاست و مسیر ترشحی بسیار پایین است و جزء پروتیین های سیگنال نیست. همچنین در گیاه Gymnema sylvestre مشخص شد که این پروتیین دارای سه دومین حافظت شده است. مقایسه ی ساختار ثانویه پروتیین وجود صفحات آلفا را تایید کرد. مدل سازی سه بعدی این پروتیین در گیاه به روش همولوژی مدلینگ و با استفاده از پایگاه داده Swiss Model پس از انتخاب الگوی مناسب با میزان شباهت بالا که از پایگاه داده ی PDB استخراج شد، انجام گرفت. جهت اعتبارسنجی ساختاری مدل ترسیم شده سه بعدی و آنالیز استریوشیمیایی، نمودار راماچاندران ترسیم و زوایای دی هیدرال محاسبه شدند. نتایج ارزیابی کیفیت ساختاری نشان داد که مدل های پیشنهادی دارای کیفیت و پایداری مناسبی می باشند. مطالعه ساختار پروتیین می تواند به درک عملکرد پروتیین کمک کند و بررسی جزییات ساختار آن می تواند در مطالعات جایگاه فعال پروتیین و داکینگ سودمند باشد.