آنالیز داده های ترانسکریپتوم زعفران در راستای بیان ژن های دخیل در مسیر بیوسنتزی فنیل پروپانویید

زعفران امروزه به عنوان یک گیاه استراتژیک در کشاورزی محسوب می شود. این گیاه به عنوان گران ترین ادویه جهان شناخته می شود و علاوه بر خواص مختلف خوراکی از دیرباز در طب سنتی مورد استفاده قرار گرفته است. یکی از مهم ترین خواص دارویی زعفران برای جلوگیری و درمان سرطان است. در این مطالعه ابتدا داده های ترانسکریپتوم از سایت NCBI Short read archive دانلود شدند. داده ها شامل پنج بافت کلاله، گلبرگ، برگ، پیاز و پرچم بودند. کنترل کیفی داده ها توسط نرم افزار FastQC و Trimmomatic انجام شده و بعد از آن اسمبلی خوانش ها صورت گرفت. پیش بینی ژن ها توسط نرم افزار Trinity صورت گرفت. بیان ژن ها با استفاده از نرم افزار RSEM سنجیده شده و با استفاده از داده ای موجود در مقالات ژن های ضد سرطان در مسیر بیوسنتز فنیل پروپانویید با استفاده از مشابهت توالی های میان آن ها و ژن های ساخته شده توسط Trinity با نرم افزار BLASTx مورد بررسی قرار گرفتند. از میان ژن های موجود در مسیر بیوسنتز فنیل پروپانویید در این مطالعه، برای اولین بار ژن CAD1 که کد کننده آنزیم Cinnamaldhyde است، شناسایی شد، این آنزیم در مسیرهای مختلف باعث جلوگیری از سرطان یا فعالیت تومور زایی می شود. در بررسی بیان این ژن مشخص شد که این ژن بیشترین بیان را در بافت های گلبرگ و کلاله دارد و کلاله این گیاه علاوه بر خواص ادویه آن می تواند به عنوان یک داروی ضد سرطان هم استفاده شود.